Вернадский подумывал о том, чтобы создать в Вернадовке новое Приютино, но этому не суждено было случиться. Вместо этого он примерил на себя роль самостоятельного помещика. В июне 1886 года он писал жене: «Еще недавно я почти был уверен, что буду земским деятелем, и я только мечтал о том, чтобы продать землю здесь и купить себе что-нибудь поюжнее, в Малороссии, – обстоятельства сложились иначе, хотя, может быть, и можно будет через несколько лет устроить что-нибудь подобное, получив кафедру в одном из южных университетов». Говоря о продаже земли, Вернадский имел в виду продажу целому крестьянскому обществу. Аренда отдельному лицу представлялась для него промежуточной мерой. В деревне крестьяне нуждались в земле. Вернадский начал сдавать 146 десятин паровой земли крестьянам по небольшим участкам – их разобрали у него всего за один день. Он предложил очень невысокую цену – 10 рублей против 15 стандартных, но земли не хватало настолько, что крестьяне умоляли Вернадского найти им еще участки на продажу, даже по максимальному ценнику.
Через год он свыкся с деревенской жизнью. Писал жене, что ему хочется быть ближе к естественным, природным условиям жизни. Но он считал себя к ней морально неготовым. «Но подготовишься ли, и в чем такая подготовка должна заключаться… Как быть с той землей, которая тяжелым камнем легла на нас, и какие мы скверные, что не умеем, не хотим устроить ее как следует». Он разбирался с хозяйственными делами и обо всем сообщал Наталье Егоровне. Как-то он в очередной раз писал жене о том, как прошел его день: описывал, во сколько встал, сколько ходил пешком, радовался тому, что прошли головные боли и боли в шее. Потом внезапно осекся и удивился сам себе. Мол, совсем он стал типичным обывателем, патриархальным отцом семейства: «жалуюсь на разные боли, говорю и рассказываю своей дорогой половине о них, того и гляди, буду толковать о ревматизме и всех других неисчерпаемых «измах». Но бог с ними. Впрочем, нет – об одном «изме» я хочу толковать. Это о клерикализме (не удивляйся!). Попы растут, растет и поповство, забирает власть и силу… Попы играют здесь свою роль, и их лапки становятся, по рассказам, из года в год сильнее, могучее и длиннее…». Несмотря на длительное проживание в деревне, в Вернадском били ключом живая мысль и чувство самоиронии, не ослабевала тяга к анализу происходящего вокруг.
Он продолжал научную деятельность,