Еще одной характерной особенностью университетов по гумбольдтской модели стало разделение по специализациям в продолжение традиций, сформированных в эпоху Промышленной революции. Структуру университетов составляли монодисциплинарные факультеты; землячества либо полностью исчезли, либо стали пограничным феноменом, и лишь в нескольких университетах Англии сохранилось деление на колледжи и организация обучения на основе тьюторства[51]. Монодисциплинарные факультеты (особенно факультеты философии и прикладных искусств) стали колыбелями многих подспециализаций, которые со временем трансформировались в самостоятельные факультеты – например, факультет натурфилософии (из которого позднее выделились математический, физический, химический и биологический факультеты), а также экономический факультет и факультет социальных наук. Факультеты теологии, медицины и права сохранились в своем прежнем виде. Обучение прикладным искусствам по большей части переместилось из университетов в специализированные академии. По образцу университетов создавались военно-технические академии; многие из них в дальнейшем занялись подготовкой гражданских инженеров и постепенно трансформировались в политехнические институты. В ряде стран часть этих институтов и по сей день сохранила это название, но многим в ХХ в. был официально присвоен статус университета, после чего они стали называться техническими или технологическими университетами. В ХХ в. также появились специализированные сельскохозяйственные университеты и университеты пищевой промышленности. В итоге в 1930-е гг. в Европе насчитывалось порядка 200 университетов и до 300 институтов, которые давали высшее образование в военной, политехнической, коммерческой, медицинской, ветеринарной, сельскохозяйственной, педагогической, политической и музыкальной областях[52].
Факультеты, которые стали основными структурными подразделениями университетов, возглавляли деканы, обычно из числа профессоров с высокой репутацией, которые на условиях совместительства и на временной основе брали на себя руководство факультетом. На позиции декана ротировались ведущие профессора, типичным сроком пребываний в этой должности было