Тогда же, в 1991 г. в журнале «Наука и религия» была опубликована статья доктора исторических наук М. И. Одинцова «Хождение по мукам. 1954—1960 годы»,17 явившаяся одной из первых попыток научного анализа государственно-церковных отношений второй половины 1950-х гг. В этой публикации были впервые приведены ценные статистические сведения о количестве зарегистрированных в СССР религиозных обществ в указанный период и отмечено, что разразившийся к концу 1958 г. конфликт между Советским государством и Русской Православной Церковью был вызван, среди прочего, переоценкой послевоенного курса «уступок Церкви», обличенного партийными идеологами, как «проявление сталинизма».18 Однако небольшой масштаб статьи и ее публицистическая направленность не позволили автору всесторонне осветить с научной точки зрения проблему взаимоотношений Советского государства и Церкви.
В 1993 г. в «Журнале Московской Патриархии» была опубликована статья преподавателя Минской Духовной семинарии священника Сергия Гордуна «Русская Православная Церковь в период с 1943 по 1970 год»,19 вторая часть которой посвящена событиям 1958—1970 гг. Характеризуя 1960-е гг. как период «крайнего стеснения церковной жизни»,20 автор статьи отмечал, что наиболее резкое усиление антицерковной кампании произошло в 1961 г., и подробно останавливался на примерах сопротивления руководства Московской Патриархии, духовенства и прихожан антирелигиозным инициативам гражданских властей. Статья священника Сергия Гордуна была написана на основании изучения архивных документов Фонда Совета по делам религий при Совете Министров СССР, многие из которых впервые были введены в научный оборот.
Несомненный интерес для настоящего исследования представляет изданная в 1994 г. книга митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Иоанна (Снычева) «Самодержавие духа. Очерки русского самосознания»,21 в которой событиям 1958—1964 гг. посвящена отдельная глава. Ее автор, известный и авторитетный иерарх Русской Православной Церкви, рассматривает антирелигиозные мероприятия Н.С.Хрущева в контексте всего тысячелетнего периода развития государственно-церковных отношений в России и считает, что «новый виток антицерковных гонений» в период «оттепели» был вызван отказом советского руководства от национально-патриотического элемента официальной идеологии, ее «окончательным переводом на интернациональные рельсы».22 Одной из главных особенностей антирелигиозной кампании 1958—1964 гг. митрополит Иоанн считал «попытку задушить Церковь ее же собственными руками»,23 имея в виду стремление гражданских властей переложить ответственность за закрытие монастырей и церквей на епископат Русской Православной Церкви, находившийся под сильным давлением атеистического государства.