Смысл морального кодекса очевидно прост: доказать, что коммунистическое общество – прежде всего общество нравственное. А так как оно должно быть в основном построено в ближайшее двадцатилетие (т. е. к началу 1980-х гг.), то и на формирование нового атеистического человека отводится короткое время. Преодоление религиозности в СССР стало программной задачей компартии, ибо научный атеизм считался одним из обязательных условий общества будущего. Как только был опубликован проект новой Программы КПСС, журнал «Наука и религия» включился в идеологическую полемику, называя религию тормозом на пути построения гуманного общества. Журнал заранее предрекал полное торжество атеизма, «ибо к этому ведет сама… жизнь». А уже в ноябре 1961 г. руководство журнала, совместно с кафедрой теории атеизма Московского государственного университета и Научно-методическим советом Всесоюзного общества по распространению политических и научных знаний, провело конференцию, обсудившую задачи научно-атеистического воспитания трудящихся.
Стремясь в максимально короткие сроки покончить с религией, что на практике означало и организационный разгром Церкви, атеисты сделали весьма характерный вывод о необходимости усиления научно-атеистической пропаганды по мере приближения коммунистического общества. Это был явный перифраз сталинского положения об усилении классовой борьбы по мере строительства социализма. Тем самым Церковь и ее служители недвусмысленно выставлялись идейными врагами строившегося общества – со всеми вытекавшими отсюда последствиями (хотя речь и не шла о физическом устранении «врагов», – акцент делался на контроле за церковными кадрами).
В хрущёвский период «верховным распорядителем» Русской Церкви оставался регулирующий государственно-церковные отношения Совет по делам РПЦ при Совете Министров СССР, созданный еще в 1943 г. Реальной властью на местах пользовались уполномоченные Совета, с которыми архиереи должны были согласовывать все свои решения, в том числе и назначения священников на приходы. Кроме того, Совет дозволял епископские хиротонии, а уполномоченные – священнические и диаконские рукоположения. Патриарх Алексий (Симанский) в конце своей жизни с горечью говорил: «В начале моего патриаршества из десяти кандидатов в епископы я выбирал девять, а они [советские органы] – одного, теперь они дают девять, а я подбираю одного». Понятно, что руководство КПСС «продвигало» в епископы или убежденных атеистов – сотрудников КГБ, или лиц нравственно неустойчивых, разложившихся, которые будут растлевать и разрушать Церковь, управляя ею.
Стремясь дискредитировать православное духовенство, власти всячески поощряли вероотступничество. Различными мерами в конце 1950-х – начале 1960-х гг. им удалось добиться заявления о разрыве с религией от почти двухсот священнослужителей. Кроме того, за 1958–1964 гг. число приходов Русской Православной Церкви уменьшилось на 5863 (на 1 января 1966 г. РПЦ имела