Серьезным работником показал себя Михаил Васильевич и в Академии Генерального Штаба, где с 1898 года состоял профессором (этому предшествовали пять лет службы в канцелярии Военно-ученого комитета Главного Штаба). Его курс истории русского военного искусства нельзя отнести к числу удачных, но основательностью он бесспорно отличался, и заслуги Алексеева были оценены его коллегами: в 1904 году он становится заслуженным профессором Академии, а три с половиной года спустя избирается почетным членом ее Конференции (высшего органа, своего рода «ученого совета»).
Но перед этим была еще Русско-Японская война. С 1900 года профессор Алексеев совмещает преподавание со службой в Главном Штабе, а с середины 1904-го даже оставляет ради нее Академию. В это время он уже генерал-майор, а к трем боевым наградам прибавляются четыре ордена мирного времени. Не желая оставаться в Петербурге, Михаил Васильевич добивается назначения в Действующую Армию и в начале ноября 1904 года отправляется в Штаб III-й Маньчжурской Армии на должность генерал-квартирмейстера.
Звучащие в письмах Михаила Васильевича тех месяцев рассуждения о свойствах истинного военачальника очень важны для понимания его личности. «Полководцу нужны: талант, счастье, решимость, – пишет он. – Не говорю про знание, без которого нельзя браться за дело…На войне нужно дерзать и нельзя все рассчитывать». Как это непохоже на «столоначальника», каким обычно представляют Алексеева! В отличие от своих младших соратников по Белому движению – Корнилова, Деникина, Маркова, – он действительно не был человеком порыва, ему не были присущи лихость, отчаянность, азарт, – однако у Михаила Васильевича не отнять и понимания необходимости дерзать, учета морального фактора, вкуса к военному творчеству. Покажет он себя и подлинно боевым генералом, получив за Мукденское сражение Золотое Оружие. Но ценнее любых орденов должен был стать тот боевой опыт, который Алексеев приобрел в условиях современной войны, уже предвосхищавших многое из того, с чем вскоре придется столкнуться на Первой мировой.
По возвращении в Петербург генерал-майор Алексеев получает назначение на должность обер-квартирмейстера Главного управления Генерального Штаба, где и служит в течение двух лет. В конце августа 1908 года он назначается начальником Штаба Киевского военного округа (а вскоре и производится в генерал-лейтенанты), но уезжает к новому месту службы, должно быть, не с легким сердцем: «военный ренессанс», когда на основании опыта прошедшей войны пересматривались многие положения боевой подготовки, тактики и оперативного искусства, активным участником чего был Алексеев, проходил в отнюдь не простой обстановке. Борьба новаторских и консервативных тенденций внутри самого́ военного ведомства осложнялась настойчивыми попытками вмешательства