Султан Мехмед придавал крайне важное значение развитию своего флота. С самого начала своего существования османы и другие малоазийские эмираты использовали моря как линию обороны. Впервые османы построили верфи, когда завладели побережьем Мраморного моря в середине XIV века; после того как они переправились во Фракию, необходимость защиты от венецианцев придала морской теме дополнительную насущность. К большой верфи в Гелиболу в 90-е годы XIV века добавились верфи в эмиратах малоазийского побережья Эгейского моря, после того как они были захвачены османами. Но хотя османский флот постепенно стал брать верх над венецианским и генуэзским флотами в прибрежных водах и мог осуществлять наступательные военные экспедиции на большие расстояния, он не мог соперничать с военными кораблями этих двух торговых держав в ближнем бою в открытом море. После взятия Константинополя султан Мехмед построил большую верфь в Золотом Роге и использовал построенный на ней военный флот для того, чтобы установить контроль над бассейном Черного моря, а также перенести свои честолюбивые замыслы еще дальше, в Средиземное море. Новый устанавливавшийся баланс сил требовал гибкости, и Мехмеду пришлось столкнуться с проблемой защиты османского могущества на как никогда обширных территориях как на суше, так и на море.
В 1475 году армада под командованием Гедика Ахмед-паши, бывшего тогда великим визирем, отправилась в Крым и заняла Кафу и другие генуэзские владения, а также венецианский порт в Тане. После установления своей власти в Крыму небольшой османский флот отплыл в северо-восточную часть Черного моря и захватил крепость Куба, на выходе в Азовское море, и Анапу на побережье к востоку от Крыма, у их латинских властителей. Южная часть Крымского полуострова стала османской провинцией, которая, вероятно, включала Тану (ныне Азов), Кубу и Анапу. В 1478 году, по окончании двенадцатилетней борьбы за престолонаследие между сыновьями хана Хаджи Гирея, оставшиеся крымские земли приняли османское господство с Менгли Гиреем в качестве хана.
Присоединение территории Османской империей нередко вызывалось внутренней борьбой между претендентами на трон вассального государства, как это случилось, когда соперничество между наследниками властителя Карамана Ибрагим-бея после его смерти в 1464 году ускорило прямое османское вторжение и приблизило конец независимости Караманидов; разногласия в независимых еще на тот момент государствах также характеризовали османов как самую могущественную державу в регионе, способную вмешиваться и навязывать вассальную зависимость.
Татары держались особняком от других османских вассалов из-за своего происхождения от Чингисхана; об этом говорит тот факт, что, в то время как другие вассалы платили дань султану, татарский хан получал ежегодное денежное содержание и другие вознаграждения в знак признания его уникального статуса. Татарам было чем отплатить: