Портрет Джорджа Вильерса, герцога Бэкингема, Петер Пауль Рубенс, 1625
Поскольку дело рассматривалось в адмиралтейском суде, его исход закономерно сложился не в пользу Компании. К тому же Бэкингем начал под разными предлогами задерживать корабли Компании в портах, что приносило большие убытки. В итоге директора пошли на мировую и выплатили герцогу 10 тыс. фунтов отступных.
Английское правительство также не всегда соблюдало условия хартии. Протектор Английской республики Оливер Кромвель относился к монополии купцов без особого почтения и даже не пытался оберегать привилегии Компании. Обострившаяся к тому времени конкуренция между различными Ост-Индскими компаниями резко понизила доходы акционеров, и в 1657 году Компания объявила о намерении продать хартию на Лондонской бирже. В том же году Кромвель смилостивился и предоставил Компании новую хартию, попутно реформировав ее паевую систему. Если раньше взносы делались для каждой экспедиции, а прибыль делилась между участниками после возвращения экспедиции, то теперь Компания превращалась в акционерное общество в современном смысле: купцы-пайщики становились держателями акций, по которым начислялись дивиденды.
Компания разрасталась. Учитывая то, что распоряжения из Лондона доходили до Индии минимум четыре месяца, управляющие на местах наделялись огромными полномочиями. Во второй половине XVII века Ост-Индская Компания получила от английского правительства ряд государственных прерогатив на подчиненных ей территориях. В 1661 году она получила право объявлять войну и заключать мир, в 1686 – полностью распоряжаться собственными армией и флотом, учреждать военно-полевые суды, чеканить монету.
В 1698 году государство решило отменить монопольные права Компании, не препятствуя при этом созданию новой, которая начала торговать с Индией без лицензии Ост-Индской Компании. Ситуация накалилась, но спор разрешился в 1702 году, когда обе фирмы составили Объединенную Компанию купцов, торгующих с Ост-Индией.
В 1717 году англичанам сказочно повезло, когда Великий Могол Фаррукшир тяжело заболел. Индийские лекари ничего не могли с этим поделать, а английский доктор Гамильтон поставил владыку на ноги. В благодарность за это Фаррукшир предложил Гамильтону просить что угодно. Гамильтон оказался преданным служащим и попросил предоставить Компании новые привилегии в Бенгалии (области на юге Азии, в бассейне нижнего течения Ганга и дельты Ганга и Брахмапутры). Фаррукшир подарил англичанам три деревни под Мадрасом и дал право купить еще 37 населенных пунктов, а также освободил англичан от таможенных пошлин при условии ежегодной уплаты в казну 3 тыс. рупий. Кроме того, товары англичан освобождались от таможенного досмотра. В результате доходы Компании выросли с 278,5 тыс. фунтов в 1717 году до 364 тыс. фунтов в 1729 году.
В 1756 году наваб (правитель) Бенгалии Сурадж уд-Доула захватил Калькутту, принадлежавшую на тот момент англичанам. Калькутту отвоевали, несмотря