К тому времени ресурсы участников Пятнадцатилетней войны были близки к истощению. И Германия и Турция направляли в Венгрию все больше войск, которые год за годом подвергали страну опустошениям. Эта участь не миновала Трансильванию – наемники Габсбургов грабили княжество, опустошая сельскую местность, налагая на города непосильные контрибуции. В еще недавно процветавшей стране настал голод.
Не привыкшие к подобному обращению трансильванцы ответили восстанием. В октябре 1604г. в прилегающей к Трансильвании области Бихар габсбургские наемники атаковали владения обвиненного в уклонении от уплаты налогов венгерского магната Иштвана Бочкаи. В ответ последний решил выступить против Габсбургов. Социальной опорой восстания стали гайдуки – солдаты венгерских вспомогательных войск, набиравшиеся из крестьян и других представителей низших сословий. Территориальной базой стала Трансильвания, как область наименее доступная для немецких войск. Направленная туда Габсбургами армия, даже одержав несколько побед, была вынуждена отступить перед лицом всеобщей поддержки повстанцев населением области. В феврале 1605г. независимость Трансильвании была восстановлена, а Бочкаи избран князем.
Первоначально он мечтал об освобождении от власти Габсбургов не только Трансильвании, но и всей Венгрии. Армия Бочкаи вступила в северо-восточную Венгрию, где он также был признан правителем. Драматизм положения повстанцев заключался в том, что, выступая против одного иностранного поработителя, они не могли не способствовать успехам другого. Пользуясь разбродом в Венгрии, турки осенью 1605г. вновь захватили Эстергом. После этого Бочкаи поспешил заявить о возвращении Трансильвании к положению вассала Османской империи.
С Габсбургами Бочкаи сумел в июле 1605г. заклюяить соглашени, по которому первые гарантировали соблюдение имущественных, религиозных и политических прав венгерского дворянства. Габсбургское правление на венгерских землях, находившихся под властью династии до восстания, восстанавливалось, а Трансильвания признавалась независимой (разумеется, от Габсбургов, но не от турок).
Венгерское восстание окончательно подорвало способность Германии и Венгрии вести войну против османов. Более того, заключение мира с Турцией было одним из условий договора Иштвана Бочкаи и Габсбургов. Мирный договор, подписанный 11 ноября 1605г. в Житватороке, положил конец одной из самых упорных и тяжелых войн в истории Юго-Восточной Европы. Многолетние боевые действия в центральной Венгрии привели к глубокому упадку страны. Во многих областях количество крестьянских хозяйств уменьшилось по сравнению с довоенным уровнем на 60 –