После одного буйного бесчинства бурсаков было вынесено решение об отстранении архимандрита от правления монастырем и снятии с ректорской должности. По приговору палаты уголовного суда Иркутска 9 семинаристов за свой «буйный поступок» были «выключены» из духовного звания, наказаны розгами и по велению царя определены в приказные служители.
В марте 1806 г. опальный Иакинф покинул Иркутск и выехал в г. Тобольск – место ссылки государственных преступников.
Здесь Иакинф стал изучать историко-этнографические и географические сочинения о народах Сибири и восточных стран, с особым усердием штудировал литературу о Китайской империи и ее жителях, интересовался сведениями о китайском посольстве графа Ю.А. Головкина, застрявшего в Иркутске. Зная о благосклонном отношении к себе главы «великого посольства», Бичурин втайне надеялся, что с его помощью сможет занять должность начальника Пекинской духовной миссии и осуществит свою сокровенную мечту – узнает ближе малодоступную тогда Китайскую империю и сопредельные с ней страны.
Надо отметить, что, близко познакомившись с Бичуриным, граф Головкин был покорен его недюжинными лингвистическими способностями, превосходной памятью и деятельной натурой. Это и предрешило дальнейшую судьбу отца Иакинфа – он был назначен начальником духовной миссии. 18 июля 1807 г. миссия выехала из Иркутска и 17 сентября из пограничного русского города Кяхты отправилась в столицу Срединной империи.
Часть этих записей была позже использована в его «Записках о Монголии», вышедших в 1826 г. в Петербурге. Несомненно, интерес Иакинфа Бичурина к жителям Монголии и Китая, укладу их жизни и самобытной культуре имел научно-познавательный характер. Проезжая через Монголию, он изучал монгольский язык и с увлечением собирал историко-этнографические сведения о монгольских племенах. Именно ему было суждено стать первым русским ученым, приступившим к тщательному изучению истории народов Центральной и Средней Азии на основе письменных источников на восточных языках.
На седьмом году жизни в Пекине он перевел литературно-исторический свод учений Конфуция, затем приступил к переводам-извлечениям в трех томах из огромного китайского географического сочинения «Дайцин и Тунчжи» и обширного перевода в 16 томах «Тунцзянъ ганму» – сводной истории Китайского государства с древнейших времен до Цинской династии (1644). Не только о глубоком интересе Бичурина к жизни народов Восточной Азии, но и о собственных обширных познаниях свидетельствуют его переводы научных сочинений по китайской астрономии, философии, сельскому хозяйству, торговле, судоходству.
Однако нравы того времени не терпели такого вольнодумства. И пока Иакинф в Пекине без устали занимался