Некоторое время казалось, что смерть мальчика вернет любовь супругов друг к другу. Но и на этот раз семейная идиллия продлилась недолго. Рудольф очень любил сына, чья смерть стала для него тяжелейшим потрясением. Рудольф винил в смерти сына свою жену. Отношения между супругами стали хуже некуда. К тому времени Маклеода перевели назад на Яву. В том, что его убрали из Медана, майор обвинял своего начальника, генерала Диеса. Маклеод полагал, что генерал воспрепятствовал его производству в подполковники.
Маклеоды переехали в Банджу Биру. Маргарета теперь настаивала на разводе. Но в колонии он был сопряжен с большими трудностями. В середине марта 1900 года Маргарета заболела тифом. Надо сказать, что и сам Рудольф был отнюдь не подарок. Будучи алкоголиком, он к тому же иной раз поколачивал молодую супругу и имел любовниц. Впрочем, Маргарета тоже не отличалась супружеской верностью и одно время жила с другим голландским офицером, но потом вернулась к мужу. В письме к подруге она жаловалась: «Мой муж отказывает мне в каких бы то ни было нарядах, потому что боится, что я буду слишком красива. Это невыносимо! Тем временем за мной волочатся влюбленные молодые лейтенанты. Мне очень трудно вести себя так, чтобы у мужа не возникало повода для упреков».
В конце мая 1900 года, когда Маргарета лежала в тифозном бреду, Джон написал своему двоюродному брату в Гаагу письмо на 24 страницах. Подробно описав политическую и военную ситуацию в Восточной Индии, он рассказал и о семейной жизни: «Два с половиной месяца назад Грит заболела тифом. Ее положение становилось все хуже. Забота о маленькой девочке легла на меня. Наше положение было полным убожеством. Десять дней назад Грит наконец-то смогла встать на ноги. Теперь для восстановления здоровья она уехала на кофейную плантацию Крувук, близ Улинги. Достаточно сказать тебе, что нам в день нужно пять бутылок молока, а каждая стоит 30 центов, и ты поймешь, какие тяжелые последствия для наших финансов имела ее болезнь… А потом еще путешествие в Улинги. Малышку я оставил здесь, у себя. Она чудный ребенок, но она постоянно напоминает мне о моем мертвом любимом сыне.
Дорогой кузен, потеря этого прекрасного маленького мальчика сломала что-то во мне, что навсегда останется сломанным. Он любил военную музыку, особенно „Марш Монте-Карло“. И теперь каждый раз, когда его играют, я чувствую боль в моей груди, а мои глаза горят».
Будучи произведенным в майоры еще в 1897 году и потеряв надежду на производство в следующий чин, Маклеод решил выйти в отставку, что и произошло 2 октября 1900 года. За двадцать восемь лет беспорочной службы ему полагалась пенсия в