Хотя случаи высадки водолазов-разведчиков в составе агентурных групп с подлодок, находящихся в надводном положении, известны.
Всего за годы войны боевые пловцы Роты особого назначения провели более двухсот разведывательно-диверсионных и специальных операций. Из них половина с применением легководолазного снаряжения в комбинации с другими плавсредствами. Бойцы РОН брали «языков», разведывали укрепления противника и места высадки десанта, помогали форсировать реки, отслеживали коммуникации противника, разыскивали и уничтожали мины, поднимали грузы со дна, проводили в тыл агентурные группы, устраивали диверсии. Выход на берег противника во всех случаях проходил абсолютно скрытно, несмотря на большую насыщенность войск и всевозможных охранных подразделений. Особенно эффективно легководолазы-разведчики действовали в 1942–1943 годах, когда руководство по проведению операции было возложено непосредственно на командование РОН.
Существенное влияние на выполнение операций в первый год войны оказывало отсутствие должного материально-технического обеспечения морских разведдиверсантов. Водолазное снаряжение, дыхательные аппараты и гидрокостюмы массового производства были далеки от совершенства. В основном применялись кислородные аппарата типа ВИА-2, запас кислорода в которых позволял находиться под водой всего около одного часа. Боевым пловцам приходилось брать с собой дополнительные кислородные баллоны, смену которых под водой они отработали самостоятельно.
С осени 1941 года практически все специальное дооборудование легководолазного и разведдиверсионного снаряжения, а также вооружения производилось личным составом РОН. В основном этими вопросами занимался шестой (числившийся учебным) взвод, где имелись свои изобретатели. Из аэростатной ткани и резины они клеили легководолазное снаряжение, непромокаемые десантные костюмы, грузовые мешки для транспортировки оружия и снаряжения под водой, жилеты плавучести и небольшие шлюпки, дооборудовали кислородные дыхательные аппараты, а оружие, мины и пехотные радиостанции приспосабливали к морским условиям.
Особой изобретательностью отличался краснофлотец, водолаз Борис Михайлович Колмогоров, до войны работавший инженером-резинщиком на крупнейшей фабрике по производству резиновых изделий «Красный Треугольник» в Ленинграде. Консультируясь с военврачом 1-го ранга Ильей Савичевым, начальником кафедры Военно-морской медицинской академии, он создал:
1) специальный плавательный десантный костюм;
2) водонепроницаемый чехол для ручных часов;
3) индивидуальные жилеты плавучести;
4) арктический плавательный костюм;
5) комбинированное легководолазное снаряжение, которое стало прообразом Водолазного снаряжения особого назначения (ВСОН);
6) водонепроницаемый чехол для стрелкового оружия. Все работы Колмогорова были подтверждены авторскими