Большую роль в первой половине 1919 года продолжал играть матросский фактор в Украине. Здесь освобождение от немецкой оккупации приняло характер «Украинской Октябрьской революции», в которой матросы в Восточном освободительном потоке, направленном к приморским городам, играли авангардную роль, во многом подобную 1917 году в Петрограде. «Северные» и «южные» матросы слились главным образом в феврале 1919 года в 1-й Заднепровской дивизии под командованием П.Е. Дыбенко с комбригами Н.И. Махно и Н.А. Григорьевым. Причинами успеха их действий были как анархическая обстановка, вызванная многократной сменой властей в Северном Причерноморье, так и известные леводиктаторские методы руководства Москвы. В ходе этих выступлений матросская масса пережила очередной раскол, но в то же время рождала подлинно демократические элементы в Гражданской войне. Они особенно проявились в крупном выступлении флотского полуэкипажа в Николаеве в конце мая 1919 года, лозунги которого во многом предвосхитили лозунги Кронштадтского восстания 1921 года.
В ходе разгрома деникинских войск и выхода Красной армии в Причерноморье в начале 1920 года вновь возрастает значение флотского фактора. Вновь начинается процесс создания «красных морских сил», в котором ведущую роль играют прибывающие балтийские моряки и военспецы. Они занимают разного рода командные и комендорские должности по всему побережью и на имеемых немногочисленных судах. Однако влияние т.н. «таврических матросов», у которых имелись даже свои партизанские флотилии, и махновцев, вблизи столицы которых (Гуляй-Поля – Мариуполя) создается «главная морская сила красных на Юге» – Азовская флотилия, – также возрастает. В связи с этим возрастают «партизанщина» и подозрительность к военспецам во врангелевских симпатиях. Это способствует разобщенности действий, дилетантству, ряду военно-морских неудач, в частности, необоснованной сдаче Мариуполя и т.п.
Вместе с тем в этот период возрастают недоверие и подозрительность советских властей и сухопутного командования не только к махновцам, но и к военным морякам за их левизну, сепаратизм и махновские симпатии. На этой почве происходит необоснованная гибель на сухопутном фронте Морской дивизии, ядро которой составляли собранные со всех флотов и флотилий политически закаленные матросы – ветераны революционных событий 1917—1918 годов. На завершающем этапе Гражданской войны в освобождении Белого Крыма, держащегося своим островным положением, Красный флот далеко не сыграл той роли, которую мог бы сыграть.
Наступил 1921 год. И военно-морской флот впервые мощно выступил против советской власти, которую он вместе с большевиками устанавливал в ходе октябрьского переворота в 1917 году. Кронштадтское восстание марта 1921 года имело разнообразный социальный