В соответствии с директивой наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова от 26 февраля 1941 г. были поставлены задачи флоту на случай войны, предусматривавшие обеспечение господства наших Военно-морских сил на Черном море с целью не допустить прохода флота противника через турецкие проливы, воспрепятствовать подвозу войск и боеприпасов в черноморские порты Румынии, Турции и Болгарии. Для этого, в частности, предусматривалась блокировка побережья Румынии, уничтожение или захват румынского флота, обеспечение готовности к высадке десантов, содействие приморскому флангу советских сухопутных сил. Румынский флот не мог конкурировать с Черноморским флотом, имея в своем составе 4 эсминца, 3 миноносца, 1 подводную лодку, 2 вспомогательных крейсера, 3 канонерские лодки, 3 торпедных катера, 2 минных заградителя, 10 катеров-тральщиков и ряд вспомогательных судов. Румынская Дунайская флотилия имела 7 мониторов, 3 плавучих батареи, 13 сторожевых катеров. Флотская авиация насчитывала около 650 самолетов, преимущественно устаревших типов[98].
В литературе устоялось мнение, что до начала войны советское военное руководство недооценивало значение обороны Севастополя с суши. Как писал в мемуарах бывший комендант Береговой обороны Черноморского флота генерал-лейтенант П.А. Моргунов, перед войной «специальных войск для обороны главной базы с суши не имелось»[99]. Об этом же писал член Военного совета Черноморского флота вице-адмирал Н.М. Кулаков: «До Второй мировой войны вопрос об обороне главной базы флота с суши не возникал. Тогдашние наши представления о будущей войне исключали возможность подхода противника к Севастополю через Перекоп»[100].
По свидетельству Н.Г. Кузнецова, после начала Второй мировой войны Главный морской штаб задумался о необходимости защиты морских баз с сухопутных направлений: «Были даны указания разработать специальные инструкции «поручить инженерным отделам флотов произвести соответствующие рекогносцировки, а затем приступить к укреплению военно-морских баз с суши». Следует признать, что эти указания выполнялись не в полную силу. Тем не менее уже с середины 1940 года началось проектирование, а затем создание будущих линий сухопутной обороны баз»[101].
Учитывая широкое применение Вермахтом с начала Второй мировой войны морских и воздушных десантов (в Норвегии и на Крите), для обеспечения устойчивого базирования советского флота в Севастополе в Крыму был развернут 9-й стрелковый корпус. Его главной задачей была организация противодесантной обороны полуострова, которая могла быть успешной только при тесном взаимодействии с морскими силами, с чем как раз и возникли определенные проблемы во время последующей обороны Крыма. Как вспоминал генерал армии П.И.