Хотя рыцари и отказались помогать русским в войне с турками, но контакты продолжались: на русскую службу был принят граф Мазе; граф А. Г. Орлов прислал Великому магистру 86 пленных алжирцев для обмена на христиан, захваченных пиратами; русские корабли заходили для ремонта на Мальту; в августе 1772 г. Мальту инкогнито посетил граф А. Г. Орлов.
С начала XVIII в. начался упадок Ордена, так как стала отпадать необходимость в его военно-морской службе, а французская революция Декретом 1792 г. конфисковала всю собственность Ордена во Франции.
В этой обстановке контакты между Россией и Мальтийским орденом возобновились и 4 января 1797 г. была подписана «Конвенция, заключенная с Державным Орденом Мальтийским и его Преимуществом Грос-Мейстером, – об установлении сего Ордена в России», учредившая Российское римско-католическое великое приорство в составе «сана Великаго Приорства и из десяти Командорств». 17 ноября 1797 г. были подписаны Прибавочные статьи Конвенции, учреждавшие еще три командорства.
Однако Конвенция лишь частично компенсировала потери Ордена от французской революции и не могла защитить его от непосредственной угрозы.
10 июня 1798 г. по пути из порта Тулон в Египет французский флот, на кораблях которого находилась армия под командованием генерала Бонапарта, бросил якорь у Мальты. Бонапарт действовал решительно, а так как по правилам Ордена нельзя поднимать оружие на христиан, то рыцари были вынуждены 12 июня подписать конвенцию, в соответствии с которой Мальта переходила под суверенитет Франции, а рыцари должны были покинуть остров в течение трех дней.
В ответ на это 26 августа 1798 г. в «замке мальтийских рыцарей» на Садовой улице в Петербурге собрались кавалеры великого приорства российского. Они выразили протест против захвата Мальты, осудили Великого магистра барона Гомпеша за сдачу острова без боя и объявили о его низложении, а также постановили обратиться к императору Павлу I с просьбой принять орден Святого Иоанна под свой патронаж.
10 сентября Павел I принял «всех благонамеренных членов ордена под свое высочайшее руководство» и Петербург был объявлен штаб-квартирой Мальтийского ордена, рыцари всех «языков» и приорств приглашались в Россию, а президенту Академии наук барону Николаи поручалось в издаваемом календаре обозначить остров Мальту как «Губернию Российской империи».
27 октября члены великого приорства российского и мальтийские рыцари, находившиеся в России, провозгласили императора Павла I Великим магистром Иерусалимского Ордена Святого Иоанна и 13 ноября 1798 года император объявил о своем согласии принять этот титул. Однако часть великих приорств, в частности, Каталонии, Наварры, Арагона, Кастилии и Римское, отказались признать Павла I Великим магистром.
Герб