Задача правового управления – юридическое сопровождение принимаемых Службой нормативных актов, обеспечение их соответствия законодательству, проведение налогового аудита, т. е. контроль качества актов, составляемых по итогам налоговых проверок нижестоящими налоговыми органами, а также урегулирование налоговых споров и рассмотрение жалоб налогоплательщиков (плательщиков сборов и налоговых агентов) на действия налоговых органов и их должностных лиц в досудебном порядке.
Управление информатизации призвано обеспечить переход налогового администрирования на новые информационные технологии, основанные на электронной обработке данных, поступающих в налоговые органы, введение дополнительных компьютеризированных рабочих мест налоговых инспекторов.
Административное управление и управление обеспечения обеспечивают функции центрального аппарата как органа управления и в целом системы налоговых органов. В функции административного управления входит управление делами, издание приказов, распоряжений и другой документации, касающейся деятельности сотрудников центрального аппарата.
Функции управления обеспечения – финансовое и материально-техническое обеспечение потребностей службы, капитальное строительство и др., поддерживающие статус Федеральной налоговой службы как исполнительного органа управления.
В непосредственном подчинении ФНС России находятся межрегиональные инспекции. На начало 2008 г. в России функционируют десять специализированных инспекций по крупнейшим налогоплательщикам. Семь ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам располагаются в Москве, три – в Санкт-Петербурге. Межрегиональные инспекции созданы трех типов: специализированные по крупнейшим налогоплательщикам, по централизованной обработке данных и по федеральным округам. Назначение межрегиональных инспекций – повысить эффективность налогового администрирования, в особенности налогоплательщиков отраслей экономики и сфер деятельности, являющихся в части налоговых поступлений бюджетообразующими. Цель создания таких инспекций – противопоставить интеграции крупнейших налогоплательщиков (вертикально-интегрированных холдингов, финансово-промышленных групп) вертикальное налоговое администрирование, а также усилить контроль и соответственно налоговую дисциплину налогоплательщиков в этих отраслях экономики и сферах деятельности, а именно: в нефтяном и газовом комплексе, электроэнергетике, транспорте и связи, металлургии и машиностроении и некоторых других. Администрирование налогоплательщиков в вышеуказанных инспекциях строится не по территориальному принципу, а исходя из отраслевой принадлежности