Однако на плацдарме у северного моста немецкие «панце-ры» сразу же попали в засаду советской 5-й танковой дивизии. Главным козырем Красной Армии в этом бою были полсотни новейших средних танков Т-34. Помимо этого, соединение насчитывало 30 трехбашенных средних танков Т-28 и 170 легких БТ-7. Броня «тридцатьчетверок» не пробивалась снарядами 37-мм танковых пушек, и вся тяжесть боя легла на артиллерию Вермахта. Переправившиеся через южный мост немецкие танки оказались под ударом советской артиллерии. Наступление противника застопорилось. К вечеру на выручку немецким частям были выдвинуты свежие силы. Это позволило им укрепить северный плацдарм и развить с него наступление во фланг и тыл оборонявшимся частям 5-й танковой дивизии. Под угрозой окружения советские танкисты вынуждены были отойти.
В вечернем донесении немецкой 3-й танковой группы сражение под Алитусом было оценено как «крупнейшая танковая битва за период этой войны», в которой участвовала 7-я танковая дивизия. Имелась в виду, очевидно, не начавшаяся меньше суток назад война с Советским Союзом, а Вторая Мировая война, разгоревшаяся 1 сентября 1939 года. Собственные безвозвратные потери оценивались в 11 танков, включая 4 «тяжелых» (по-видимому, речь шла о недавно принятых на вооружение средних PzKpfw IV). Соответственно, общие потери немцев должны были быть, по крайней мере, в два-три раза больше. С советской стороны, из 45 участвовавших в бою легких танков БТ-7 было потеряно 30, из 24 средних Т-28 -16, из 44 «тридцатьчетверок» – 27.
Так в первый же день войны состоялось знакомство немецких танкистов со средним танком Т-34-76, нарушившим их веру в превосходство германской техники над оружием «восточных варваров». Кроме того, сражение у Алитуса было первым столкновением немцев с механизированными корпусами, располагавшимися в глубине построения войск Красной Армии.
Другая важная переправа через Неман – мост в литовском городке Меркин – была захвачена даже не танками, а вырвавшимися вперед немецкими мотоциклистами. Генерал-полковник Герман Гот был воодушевлен таким началом кампании против Советского Союза: «Явилось большой неожиданностью то, что все три моста через Неман, овладение которыми входило в задачу группы, были захвачены неповрежденными». Впереди была, конечно, более заманчивая цель, о которой все догадывались. Позднее Гот признавался: «На самом деле <…> все стремились поскорее оказаться на пути к Москве». Пока же танковая группа Гота ударила на столицу Советской Литвы – Вильнюс. Это привело к обходу и охвату через Прибалтику войск Западного фронта (до 21 июня 1941 года – Западного особого военного округа).
Если в Литве под Алитусом состоялось первое танковое сражение Великой Отечественной войны,