Основной проблемой планирования была абсолютно непригодная для ведения боевых действий область Припятских болот в центре Советско-германской границы. Эта область разделяла немецкие группировки севернее и южнее болот, лишая их возможности взаимодействия между собой. Поэтому предполагалось севернее Припятских болот осуществить окружение группировки Красной Армии 3-й танковой группой Германа Гота, наступавшей из Сувалкского выступа на границе между Белоруссией и Прибалтикой и 2-й танковой группой Гейнца Гудериана из района Бреста. Южнее Припятских болот «клещи» состояли из танковых соединений 1-й танковой группы Эвальда фон Клейста и пехотных дивизий 11-й армии Ойгена Шоберта. В Прибалтике самостоятельную задачу получала 4-я танковая группа Эриха Гепнера. Конечной целью операции «Барбаросса» было создание заградительного барьера по общей линии Архангельск-Астрахань.
Серьезно затрудняло планирование операции против Советского Союза отсутствие разведывательных данных. Как отмечал известный немецкий военный историк бывший генерал Люфтваффе Вальтер Швабедиссен, «возможность сбора информации в России сильно ограничивалась тем, что страна полностью отгородилась от остального мира. Ситуация осложнялась еще и беспомощностью немецкой разведки, до 1935 г. находившейся в стадии становления и до 1938 г. не предпринимавшей особых шагов против России. После заключения советско-германского договора о дружбе 1939 г. по указанию Гитлера Верховное командование вооруженных сил Германии издало декрет, категорически запрещавший сбор разведданных о Советском Союзе <…> Деятельность разведки возобновилась