Отчасти в результате и этих внутренних переживаний Юнг чувствовал себя изолированным от других людей; порой невыносимо одиноким. Гимназия наводила на него скуку но развила страсть к чтению; были у него и любимые предметы: зоология, биология, археология и история.
В апреле 1895 года Юнг поступил в Базельский университет, где изучал медицину, но затем решил специализироваться по психиатрии и психологии. Помимо этих дисциплин он глубоко интересовался философией, теологией, оккультизмом.
По окончании медицинского факультета Юнг написал диссертацию «О психологии и патологии так называемых оккультных явлений», оказавшуюся прелюдией к его длившемуся почти 60 лет творческому периоду. Основанная на тщательно подготовленных спиритических сеансах со своей необычайно одаренной медиуматическими способностями кузиной Хелен Прейсверк, работа Юнга представляла описание ее сообщений, полученных в состоянии медиуматического транса. Важно отметить, что с самого начала своей профессиональной карьеры Юнг интересовался бессознательными продуктами психического и их значением для субъекта. Уже в этом исследовании[3] легко можно увидеть логическую основу всех его последующих работ в их развитии,– от теории комплексов к архетипам, от содержания либидо к представлениям о синхронности и т.д.
В 1900 году молодой выпускник Юнг переехал в Цюрих и стал работать ассистентом у известного в то время врача-психиатра Юджина Блейлера в больнице для душевнобольных Бургхольцли (пригород Цюриха). Он поселился на больничной территории, и с этого момента жизнь молодого сотрудника стала проходить в атмосфере психиатрического монастыря. Блейлер был зримым воплощением работы и профессионального долга. От себя и сотрудников он требовал точности, аккуратности и внимательности к пациентам. Утренний обход заканчивался в 8.30 утра рабочей встречей медперсонала, на которой заслушивались сообщения о состоянии больных.
Два-три раза в неделю в 10.00 утра происходили встречи врачей с обязательным обсуждением историй болезни как старых, так и вновь поступивших пациентов. Встречи проходили при непременном участии самого Блейлера. Обязательный вечерний обход происходил между пятью и семью часами. Никаких секретарей не было, и персонал сам печатал на машинке истории болезни, так что порой приходилось работать до 11 часов вечера. Больничные двери и ворота закрывались в 10 вечера. Младший персонал ключей не имел, так что, если Юнг хотел вернуться из города домой позже, он должен был просить ключ у кого-либо из старшего медперсонала. На территории больницы царил сухой закон. Юнг упоминает, что первые шесть месяцев он провел совершенно отрезанный от внешнего мира и в свободное время читал пятидесятитомную «Allgemeine Zeitschrift für Psychiatric».
Первоначальный интерес Юнга к работе в клинике был, скорее, теоретическим, нежели практическим.