Пограничная служба совместно с Министерством обороны РФ обеспечивает координацию органами и войсками пограничной службы Федеральной службы безопасности РФ деятельности Войск противовоздушной обороны и Военно-морского флота по защите Государственной границы, совместно с другими компетентными федеральными органами исполнительной власти – координацию оперативными органами пограничной службы мероприятий органов правоохранительной системы и системы специальных служб Российской Федерации на местах в интересах охраны Государственной границы.
Пограничная служба участвует в подготовке органами государственной власти нормативных и иных правовых актов, касающихся деятельности юридических и физических лиц, затрагивающей интересы защиты Государственной границы; участвует в делимитации, демаркации, редемаркации Государственной границы, разработке нормативных правовых актов, устанавливающих режим Государственной границы; осуществляет по поручению Правительства РФ непосредственное руководство деятельностью пограничных представителей Российской Федерации.
Пограничная служба обеспечивает добывание и обработку информации об угрозах безопасности Российской Федерации в сфере защиты Государственной границы, представляя ее в Федеральную службу безопасности, информирование заинтересованных федеральных органов исполнительной власти в порядке, установленном федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ; взаимодействует, осуществляет контакты в интересах защиты Государственной границы с соответствующими органами иностранных государств, международными организациями. Она обеспечивает также собственную безопасность системы пограничной службы; совместно с федеральными органами государственной охраны участвует в обеспечении безопасности объектов государственной охраны на Государственной границе в пределах пограничной территории.
Наряду с пограничной службой в защите Государственной границы принимают участие и другие подразделения Федеральной службы безопасности. Они осуществляют в пределах своей компетенции добывание, обработку и анализ информации об угрозах безопасности Российской Федерации в сфере защиты Государственной границы; во взаимодействии с органами и войсками пограничной службы осуществляют контрразведывательную и оперативно-розыскную деятельность в интересах защиты Государственной границы; во взаимодействии с Государственным таможенным комитетом РФ, пограничной службой разрабатывают и осуществляют меры по борьбе с контрабандой; осуществляют контрразведывательное обеспечение въезда на территорию Российской Федерации и выезда за ее пределы граждан