Для участия в учениях на Черноморский флот из Москвы прибыл начальник Главного морского штаба адмирал И. С. Исаков.
Наряду с проведением артиллерийских и торпедных стрельб постановкой минных заграждений план учения предусматривал высадку десанта на западное побережье Крыма и поддержку его артиллерийским огнем. Флот «синих» (им командовал Л. А. Владимирский) перед высадкой должен был форсировать оборонительное минное заграждение у побережья «красных». В артиллерийской поддержке участвовали крейсера «Красный Кавказ» и «Червона Украина», которые, кроме того, перевозили десантные части. На второй день учения в одесском порту началась погрузка на транспорты и боевые корабли 150-й стрелковой дивизии. Десант был успешно высажен, учения продолжались по плану и закончились 18 июня за три дня до начала войны. Корабли возвратились в Севастополь. Начальник Главного морского штаба адмирал И. С. Исаков объявил руководству учением, что задерживаться дольше не может, и сразу же убыл в Москву, возложив разбор учения на Ф. С. Октябрьского.
К 22 июня 1941 г. корабли Черноморского флота дислоцировались следующим образом.
В Севастополе базировались:
эскадра в составе: линейного корабля «Парижская Коммуна», бригады крейсеров (крейсера «Красный Кавказ», «Червона Украина», «Красный Крым») и Отряда легких сил (крейсера «Ворошилов», «Молотов», лидеры «Москва» и «Харьков», эсминцы «Бойкий», «Быстрый», «Безупречный», «Беспощадный», «Бодрый», «Смышленый», «Сообразительный», «Незаможник» и «Шаумян»);
1-я бригада подводных лодок (13 подводных лодок, находившихся в строю): Л-5, Д-5, С-31, С-32, С-33, С-34, Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-208, Щ-209, Щ-210, Щ-211;
2-я бригада подводных лодок (8 подводных лодок, находившихся в строю): М-31, М-32, М-33, М-34, М-35, М-36, М-58, М-62; в ремонте М-59, М-60, А-1, А-2, А-3, А-5;
1-я бригада торпедных катеров (в числе которых имелось 10 катеров Г-5 «волнового управления», которые должны были наводиться на противника с самолетов МБР-2), бригада траления, сторожевые корабли и катера охраны водного района (ОВР) Главной базы. В текущем ремонте (на заводе № 201): крейсер «Красный Крым», эсминец «Железняков»; подводные лодки Л-4 и Щ-207.
В капитальном ремонте подводные лодки Л-6, Д-4 и Д-6. Проходили заводские испытания подводные лодки Л-24 и Щ-216. Достраивались эсминцы «Способный» и «Совершенный».
В Одессе базировались: дивизион канонерских лодок в составе: «Красный Аджаристан», «Красная Армения», «Красная Грузия», а также старый крейсер «Коминтерн» (бывший «Кагул»).
На порт Очаков базировалась 2-я бригада торпедных катеров.
На военно-морскую базу Новороссийск базировались:
Корабли ОВР, 10-й отдельный учебный дивизион подводных лодок (7 единиц, из которых в строю в Новороссийске подводные лодки Щ-201 и М-52; подводная лодка Щ-202 – в Феодосии на испытании торпед; подводные лодки Щ-203, М-51 и М-55 – в различных видах ремонта в Севастополе, и подводная лодка М-54 – в среднем ремонте в Херсоне).
В военно-морской базе Поти находились: