В последнее время отмечается некоторое напряжение между Россией и Таджикистаном по поводу 201-й российской военной базы. Соглашение о 201-й российской военной базе на территории Таджикистана было достигнуто во время визита президента России В. В. Путина в страну в октябре 2012 г. Действовавший договор, заключенный еще в 1993 г., был переработан на новых условиях и продлен на 49 лет с момента начала пребывания российских воинских формирований в Таджикистане, то есть до 2042 г. За базу Россия, согласно договоренностям, должна взять на себя вопросы модернизации и технического переоснащения вооруженных сил Таджикистана, укрепления материально-технической базы армии современными видами вооружения, помочь в подготовке кадров. Помощь оказывается и в области контроля за оборотом наркотиков – РФ должна выделить таджикскому наркоконтролю более 5 миллионов долларов и помочь с кадрами в этой сфере. Однако Таджикистан не ратифицирует договор 49.
18 декабря 2012 г. президент Республики Кыргызстан Алмазбек Атамбаев подписал закон «О ратификации соглашения между Киргизской Республикой и Российской Федерацией о статусе и условиях пребывания объединенной российской военной базы на территории республики». Кроме того, президентом Республики подписан «Протокол о сотрудничестве в военной области между Киргизией и Россией в период, предшествующий вступлению в силу соглашения».
Главы двух государств, России и Кыргызстана, договорились о создании на киргизской территории объединенной российской военной базы в сентябре. Базу планируется ввести в эксплуатацию в 2017 г. сроком на 15 лет. Туда войдут четыре военных объекта РФ, существующих в Киргизии на сегодняшний день: база подводных испытаний оружия в Караколе, центр военной связи в Кара-Балте, радиосейсмическая лаборатория в Майлы-Суу, а также авиабаза ОДКБ в Канте. Россия намерена объединить их под общим командованием50.
Реальными угрозами политической и военной сфере безопасности Кыргызстана и Узбекистана стали события в 1999–2000 гг. во время наступления исламских экстремистов. Недееспособность вооруженных сил действовать против террористов в горных условиях в тактических и стратегических операциях привела к значительным человеческим потерям в их рядах. После этих событий Узбекистан полностью заминировал противопехотными минами пограничную с Таджикистаном полосу и больше не пролонгировал Договор о коллективной безопасности. Гражданская война, угрожавшая распаду государства в Таджикистане, основательно могла бы распространиться в регионе по «эффекту домино», так как те причины, которые были исходными в межтаджикском конфликте, в той или иной степени существуют и в других странах Центральной Азии, что является весьма слабым местом в системе региональной безопасности.
В конце 1990-х – начале 2000-х гг. складывающиеся геополитические условия, основанные прежде всего на отсутствии баланса сил сверхдержав, были успешно использованы