18.06.41 г. железнодорожным транспортом полк направлен на запад. Начало войны застал в пути в районе Иркутска. 26 июня прибыл на станцию Борисоглебск, где полк был выгружен и к 1 июля собрал и облетал самолеты.
02.07.41 г. перелетел на аэродром северо-западней Тулы.
08.07.41 г. полк был переформирован: из 4-эскадрильного состава по 15 самолетов (+ 5 самолетов управления полка) было сформировано два полка трехэскадрильного состава по 10 самолетов.
09.07.41 г. в составе 38 иад прибыл на фронт и вошел в состав ВВС Западного фронта. Боевую работу начал с аэродрома севернее Вязьмы. В боях в районе Ельни полк понес значительные потери.
В августе 1941 г. в составе 8 зап (Приволжский ВО) проходил переформирование. В сентябре направлен в Монино, где летчики и техники прошли переподготовку на самолетах Як-1. Под Саратовом получили новые самолеты Як-1.
18.09.41 г. направлен на Южный фронт в состав 65 иад, которая 23.09.41 г. была переформирована в 5 par
В апреле – мае 1942 г. действовал в непосредственном подчинении ВВС Южного фронта.
В мае 1942 г., когда на базе ВВС Южного фронта была сформирована 4 ВА, полк включили в состав 229 иад (с 25.05.42 г.). Но в части оставалось только два исправных Як-1, на которых до середины июля производилась воздушная разведка по заданиям 4 ВА. В конце июля 1942 г. в Армавире были получены 2 самолета: один Як-1 и один учебный Як-7 (спарка), бывшие ранее на вооружении эвакуированной школы летчиков-истребителей. 1 августа они перелетели в Моздок. На этих двух самолетах летчики полка начали выполнять боевые вылеты в составе 217 иад. Несколько позже были получены самолеты Як-7.
В ходе Изюмо-Барвенковской и Ростовской операций летчики полка совершили около 2000 боевых вылетов, провели 225 воздушных боев, сбили 61 вражеский самолет, сделали более 300 вылетов на сопровождение бомбардировщиков и штурмовиков, вели разведку в интересах наземного и авиационного командования. Уничтожили около 300 зенитных установок, в общей сложности истребили более 4000 солдат противника.
За десять дней боевой работы в районе Моздока (с 13 по 24.08.42 г.) полком было произведено 303 боевых вылета. За это короткое время, когда полк действовал главным образом по наступающим наземным войскам противника, было сбито 12 самолетов. Свои потери составили пять самолетов и четыре летчика.
24.08.42 г. оставшиеся 9 самолетов были сданы в мастерские. С сентября по декабрь 1942 г. находился в составе 6 оутап.
В период 12.12.42–07.01.43 г. прикрывал вылеты штурмовиков, входил в состав 230 шад.
07.01.43 г. вошел в состав 216 сад (с 17.06.43 г. 9 гиад).
Преобразован приказом народного комиссара обороны СССР № 64 от 08.02.43 г. в 42-й гв. иап.
С февраля 1943 г. действовал на Северо-Кавказском фронте. Летчики полка за период с 01.05 по 01.07.43 г. провели 423 воздушных боя, 96 вылетов на перехват разведчиков и бомбардировщиков, 47 полетов на разведку и 17 штурмовок войск противника. При этом сбили 79 и повредили 27 вражеских самолетов. За это же время полк потерял 14 самолетов, погибли 8 летчиков.
С сентября 1943 до 15.05.44 г. участвовал в освобождении Крыма в составе 229 иад.
После освобождения Крыма в мае 1944 г. выведен в тыл для перевооружения на истребители Як-9У.
С 10.12.44 г. до конца войны воевал на 2-м Белорусском фронте в составе 269 иад.
На основании Приказа ВГК № 239 от 21.01.45 г. полку присвоено почетное наименование Танненбергский.
18.02.45 г. Приказом