Унижая мальчика, Иван Шуйский сидел в присутствии маленького царя, опираясь при этом локтем о постель его отца, покойного Великого князя Василия, и положив ноги на царский стул. Впоследствии Иоанн вспоминал, что в то время он часто не имел самого необходимого: одежды и пищи. Если такое приходилось терпеть царю, то каково же было его подданным? Понятно, что летописец искренне радовался, что вошедший в возраст Иоанн «переменился», смог пресечь боярский беспредел и умерить аппетиты всесильных вельмож.
Верные государю придворные давно призывали покончить с беспринципными временщиками, но мальчику было трудно разобраться в политической игре, ведущейся вокруг, и он опасался вступить в нее. Чашу терпения переполнили избиение и арест его друга и наставника Ф.С. Воронцова только за то, что «великий государь его жалует и бережет». Лишь слезы мальчика и заступничество митрополита спасли Воронцова от смерти. После этого Иоанн решился и 29 декабря 1543 г. отдал приказ об аресте «первосоветника» Андрея Шуйского, вождя стоящей у власти партии удельных князей.
Но историки безосновательно обвиняют государя в расправе над Шуйским без суда и следствия. Он не приказывал казнить временщика. Источники свидетельствуют о том, что виноваты «переусердствовавшие» слуги. Желая угодить царю, они задушили ненавистного всем боярина вместо того, чтобы отправить его в темницу. Вероятнее всего, что негласный приказ об убийстве втайне от Иоанна отдал кто-то из пришедшей к власти группировки Воронцова. Р.Г. Скрынников подтверждает, что Шуйского убили псари «повелением боярским».
Едва ли смерть Шуйского может служить примером «врожденной жестокости» юного государя: боярина настигло справедливое возмездие за все беззакония, совершенные во время его правления. Показательно и то, что больше не было жертв ни из клана Шуйских, ни из их многочисленных сторонников.
События 1543 г. не означали конец боярского царства. Тринадцатилетний Иоанн еще не мог править самостоятельно, но уже мог выбирать себе наставников. К власти пришла группировка старомосковских бояр, во главе которой стоял милый сердцу мальчика боярин Воронцов. Новое правительство проводило политику укрепления государственной власти и защиты национальных интересов, что шло вразрез со стремлением высшей аристократии расширять свои привилегии в ущерб государству и народу.
Партия удельных князей не могла смириться с тем, что ее оттеснили от трона, и в 1546 г. произошло событие, которое можно оценить как ответный удар оппозиции. Впрочем, Андрей Курбский, а вслед за ним и позднейшие