В соответствии с Конвенцией № 108 Международной организации труда «О национальных удостоверениях личности моряков» паспорт моряка также оформляется по заявлениям граждан Российской Федерации, уровень профессиональной подготовки и состояние здоровья которых соответствуют требованиям, установленным международными конвенциями для членов экипажей морских судов, и выдается им при наличии трудового соглашения о работе на российском или иностранном судне. Указанное соглашение может быть заключено гражданином Российской Федерации самостоятельно или при посредничестве организаций, которые осуществляют трудоустройство российских граждан на суда под иностранным флагом и деятельность которых соответствует требованиям, предъявляемым к таким организациям международными конвенциями о найме и трудоустройстве моряков.
Паспорт моряка оформляется и выдается Министерством транспорта Российской Федерации (Службой морского флота и Службой речного флота), Министерством сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации (Департаментом по рыболовству), морскими администрациями портов, государственными администрациями морских рыбных портов, государственными бассейновыми управлениями водных путей и судоходства, а также морскими торговыми и рыбными портами, выполняющими функции морской администрации. Общее руководство и контроль за соблюдением установленного порядка оформления, выдачи, учета и хранения паспортов моряка осуществляется по принадлежности Службой морского флота и Службой речного флота Министерства транспорта Российской Федерации и Департаментом по рыболовству Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации. Непосредственное руководство и ответственность за делопроизводство по паспортам моряка возлагается на капитанов морских торговых и рыбных портов, руководителей государственных бассейновых управлений водных путей и судоходства, а также руководителей подразделений Службы морского флота, Службы речного флота Министерства транспорта Российской Федерации, Департамента по рыболовству Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, которым поручено оформление и выдача паспортов моряка.
Оформление паспорта моряка включает в себя процедуры согласования выдачи паспорта моряка с органами Федеральной службы безопасности и с органами внутренних дел, заполнение бланка паспорта моряка, за исключением раздела «Служебное положение и его изменения», и при необходимости выдачу моряку заверенной ксерокопии внутренней страницы передней части обложки и первой страницы паспорта или справки об оформлении паспорта моряка. Оформление паспорта моряка для работы на российском судне заграничного плавания производится, как правило, по месту