В то же время монахи Аббатства Клуни в Бургундии (Франция) и монастыря Хиршаув (Германия) и некоторых других приняли более строгие уставы, освобождавшие их от светских влияний, и распространяли взгляды, углублявшие концепцию приоритета церковной власти над властью светской.
Достигнутое в известной мере единство светской власти с учётом восстановления единства и независимости власти церковной в существовавших на то время политических и интеллектуальных условиях европейского общества, должно было раньше или позже разразиться новой борьбой между властями. В этот период независимость Церкви и ее более строгая дисциплина были обеспечены благодаря её наивысшему иерарху, человеку веры и творческого гения – Григорию VII. Воспользовавшись сложившимися обстоятельствами, последний сумел убедить своих непосредственных предшественников доверить римскому клиру выборы верховного понтифика, лишив римскую знать возможности влиять на их ход. Он запретил браки священникам, которые облегчали светским нобилям занимать епископские кафедры и использовать епископскую власть как инструмент своего господства.
В открыто разразившейся борьбе Империи и папства, стороны вначале были представлены в большинстве случаев феодалами и епископами, которые, преимущественно происходили из нобилитета с одной стороны, и папством, в лице низшего духовенства, в особенности монахов и черни, которые инстинктивно выступали на стороне, противоположной знатным.
Борьба велась шпагой и пером, и в ней принимал непосредственное участие понтифик. В своих Письмах Германну, епископу Метца, чувствуется, что Григорий II как руководитель церкви предстаёт сыном столяра из Соаны, выразителем настроений народа угнетаемого нобилями. Последним он бросает обвинения в том, что они пришли к власти, они и их начальники, бесстыдно используя насилие и обман, благодаря помощи сатаны.[42] Понтифику отвечали, вдохновляясь знатностью происхождения, некоторые епископы, среди которых был Вальтерам из Наумбурга, который, после смерти Григория VII в понтификат Пасквале II, написал трактат, озаглавленный /De unitate Ecclesiae consevanda О сохранении Церковного единства/. В этом произведении Вальтрам порицает за высокомерие