Численный состав Боярской думы менялся. В конце 70-х гг. XVII в. в ней было 97 членов из них 42 боярина, 27 окольничих, 19 думных дворян и 9 думных дьяков. Таким образом, аристократический характер Думы сохранялся, хотя в Думу все больше проникало дворян и дьяков. Думные дьяки выслужились из простых приказных дьяков, а иногда и подьячих. Они, как правило, были дельцами – бюрократами и играли большую роль в делах управления. В их функции входило докладывание дела в Думе и формирование ее решения.
На заседаниях Думы обсуждались по указанию царя наиболее важные государственные дела: объявление войны, заключение мира, сбор чрезвычайных налогов, принятие нового закона, спорные вопросы по представлению приказов, по жалобам отдельных лиц. Решение Думы становилось законом или его разъяснением, и Дума являлась законодательным, распорядительным и контролирующим органом.
Председателем Думы был царь, в его отсутствие знатный боярин (конюший) по поручению царя. В случае, когда царя не было, решение Думы признавалось проектом и требовалось его окончательное утверждение государем. Особое внимание в Думе уделялось дипломатическим и военным вопросам. Дума контролировала дипломатическую переписку. Для переговоров с иностранными послами Дума создавала временные «ответные» комиссии, а потом заслушивала отчеты о ходе этих переговоров. Обязанности секретаря Думы по внешним связям исполнял дьяк, возглавлявший Посольский приказ.
XVII в. был периодом существенного роста роли Боярской думы, поскольку царская власть в период Смутного времени была ослаблена, и шла борьба за русский престол. Особенно повысилось значение Думы, когда в 1606 – 1610 гг. на престоле был Василий Шуйский (1552–1612). Он подчинился требованиям бояр и принял от них крестоцеловальную грамоту, что означало небывалое ограничение боярами власти царя. После его низложения на Руси даже был период, когда вся полнота власти временно перешла к Боярской думе. Она состояла тогда из семи влиятельных бояр, поэтому ее правление в период междуцарствия получило в истории название семибоярщины. В эти годы Русь была на грани утраты своей государственности, т. е. государственной самостоятельности.
В середине XVII в. роль Боярской думы постепенно снижается, что было одним из признаков движения России к абсолютной монархии. Для управления текущими делами в случае отъезда царя из столицы Боярская