В пункте 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации особо предусмотрено, если при проведении повторной выездной налоговой проверки выявлен факт совершения налогоплательщиком налогового правонарушения, которое не было выявлено при проведении первоначальной выездной налоговой проверки, к налогоплательщику не применяются налоговые санкции, за исключением случаев, когда невыявление факта налогового правонарушения при проведении первоначальной налоговой проверки явилось результатом сговора между налогоплательщиком и должностным лицом налогового органа. Применение налоговых санкций в ходе повторных проверок фактически исключено, так как налоговый орган должен предварительно доказать сговор налогоплательщика и должностных лиц налогового органа, который стал причиной невыявления правонарушения. Представляется, что налоговая санкция при повторных проверках может быть взыскана в судебном порядке (хотя прямых указаний на судебный порядок взыскания налоговых санкций в НК РФ не содержится). Надо заметить, что данная законодательная оговорка не распространяется на заявителя, поскольку применяется к правоотношениям, возникающим в связи с проведением повторной выездной налоговой проверки, в случае, если решение о проведении предыдущей выездной налоговой проверки было принято после 1 января 2007 года (пункт 12 статьи 7 Федерального закона от 27 июля 2006 года № 137-ФЗ).
В связи с тем, что достоверное выявление факта сговора между налогоплательщиком и должностным лицом налогового органа без полного и всестороннего исследования предмета проведенной ранее проверки представляется маловероятным, установленная пунктом 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации процедура повторной выездной налоговой проверки в порядке контроля за деятельностью налоговых органов является необходимым инструментом обеспечения правопорядка в налоговых правоотношениях и не нарушает законных прав и интересов налогоплательщиков.
Исходя из взаимосвязанного толкования перечисленных выше положений Конституции Российской Федерации, Налогового кодекса Российской Федерации следует, что вышестоящий налоговый орган имеет право проводить повторную налоговую проверку налогоплательщика по такому основанию, как «необходимость контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа» после того, как компетентный суд дал оценку результатам первоначальной налоговой проверки. Таким образом в данных обстоятельствах пересмотр результатов судебной оценки правильности исчисления и уплаты налогов соответствующим налогоплательщиком по итогам повторной выездной налоговой проверки