В ходе расследования выяснилась причастность к заговору Софьи Палеолог. Не исключено, что именно она была организатором предприятия. Софья добыла яд и ждала подходящего случая, чтобы отравить Дмитрия.
В воскресенье 4 февраля 1498 года 14-летний Дмитрий был торжественно объявлен наследником престола в Успенском соборе московского Кремля. Софья Палеолог и ее сын Василий на этой коронации отсутствовали. Казалось, их дело окончательно проиграно. Придворные бросились угождать Елене Стефановне и ее коронованному сыну. Однако вскоре толпа льстецов отступила в недоумении. Державный так и не дал Дмитрию реальной власти, предоставив ему в управление лишь некоторые северные уезды.
Иван III продолжал мучительно искать выхода из династического тупика. Теперь ему первоначальный замысел не казался удачным. Державному стало жалко своих юных сыновей Василия, Юрия, Дмитрия Жилку, Семена, Андрея… Да и с княгиней Софьей он прожил вместе четверть века… Иван III понимал, что рано или поздно сыновья Софьи поднимут мятеж. Предотвратить выступление можно было только двумя способами: либо уничтожить вторую семью, либо завещать престол Василию и уничтожить семью Ивана Молодого.
Державный на этот раз избрал второй путь. 21 марта 1499 года он «пожаловал… сына своего князя Василь Ивановичя, нарекл его государем великим князем, дал ему Великыи Новъгород и Пьсков в великое княженье». В итоге на Руси появились сразу три великих князя: отец, сын и внук!
В четверг 13 февраля 1500 года в Москве сыграли пышную свадьбу. Иван III выдал свою 14-летнюю дочь Феодосию замуж за князя Василия Даниловича Холмского – сына знаменитого полководца и предводителя тверского «землячества» в Москве. Этот брак способствовал сближению между детьми Софьи Палеолог и верхушкой московской знати. К сожалению, ровно через год Феодосия умерла.
Развязка семейной драмы наступила лишь через два года. «Тое же весны (1502 года) князь велики апреля 11 в понедельник положил опалу на внука своего великого князя Дмитрея и на его матерь на великую княгиню Елену, и от того дни не велел их поминати в ектеньях и литиах, ни нарицати великым князем, и посади их за приставы». Через три дня Иван III «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем, по благословению Симона, митрополита всеа Руси».
Ровно через год после этих событий, 7 апреля 1503 года, Софья Палеолог умерла. Тело великой княгини было погребено в соборе кремлевского Вознесенского монастыря. Ее похоронили рядом с могилой первой жены царя – тверской княгини Марии Борисовны.
Вскоре ухудшилось здоровье и самого Ивана III. В четверг 21