Разрыв этого единства впервые произошел в философии Парменида из Элеи, взгляды которого были абсолютно противоположны взглядам Гераклита. Парменид признавал существование некоего Божественного Принципа, стоящего над всеми богами и людьми. Он считал этот принцип уникальным и неизменяемым и называл его Бытие. Он был уверен в том, что изменения невозможны, и относил видимые изменения к иллюзорности наших чувств. Позднее этот принцип стал отождествляться с персонифицированным божеством, стоящим над миром и управляющим им. Так в философии возникло направление, которое отделило материю от духа и породило дуализм.
В V веке до н. э. греческие мыслители попытались примирить теории Парменида и Гераклита. Чтобы сгладить различия между идеями неизменяемого Бытия (Парменид) и вечного изменения (Гераклит), они выдвинули тезис о том, что Бытие проявляется в определенных неизменных субстанциях, которые, соединяясь и расходясь, порождают все изменения в этом мире. Это привело к возникновению понятия атома – мельчайшей неделимой единицы материи. Согласно философской концепции великого греческого философа Демокрита, материя состоит из некоторого количества «основополагающих строительных кирпичиков» – абсолютно пассивных и по сути своей неживых частиц, между которыми находится пустота. Атомы движутся в пустоте подобно бильярдным шарам. Причина движения частиц не объяснялась, но обычно ассоциировалась с внешними силами, которые, как считалось, носили идеальный, или духовный, характер, не имея ничего общего с материей. И поскольку экспериментальная проверка этой концепции была невозможна, никто не задавался вопросом, применима ли предложенная аналогия к миру атомов.
По мере того как укоренялась идея о разделении духа и материи, философы стали все больше интересоваться духовным миром, человеческой душой и проблемами этики. Ученых же привлек материальный мир. Научные представления древних были систематизированы Аристотелем, создавшим модель Вселенной, аналогичной точно идущим часам, для изучения которой следует использовать редукционистский подход: если разбить что-либо на мельчайшие составные части, можно понять, как это работает. Хотя сам Аристотель считал, что изучение человеческой души и созерцание величия Бога гораздо важнее изучения материального мира, именно его модель механистической Вселенной использовалась западной наукой на протяжении двух тысяч лет.
Поскольку механистический взгляд на природу тесно связан со строгим детерминизмом (лат. determinare – определять), то философской основой такого взгляда стало фундаментальное разграничение