Крім того, до «Ругон-Маккарів» входять романи, де Золя ставить наукові або науково-філософські проблеми, – якоюсь мірою вони є аналогом «філософських етюдів» у «Людській комедії», принаймні на них покладаються близькі або схожі завдання. Почасти це притаманно вже «Абатові Муре», але особливо характерні в цьому відношенні романи «Радість життя» і «Доктор Паскаль», де Золя прагнув піднятися до узагальненого науково-філософського витлумачення величезного емпіричного матеріалу, представленого в циклі, до витлумачення проблем буття. В ряді романів «наукова» й «соціальна» тематики поєднуються; найпоказовіший у цьому плані роман «Людина-звір», у якому зображення залізниці й праці залізничників переплітається з вивченням жахливого неврозу, що на нього хворіє головний персонаж Жак Лантьє.
І, нарешті, є невелика група романів, визначених автором як «ліричні» – на противагу основному масиву «експериментальних». Ці романи («Сторінка кохання», «Мрія», почасти «Провина абата Муре» і «Радість життя») вирізняються і за змістом, що характеризується певною камерністю й тонким психологізмом, і за колоритом – вони написані ніби акварельними фарбами; в них відсутній, кажучи словами Горького, «похмурий, темними олійними фарбами, живопис Золя». Вкраплені в цикл, вони мали дещо урізноманітнювати його і змалюванням світлих сторін людської душі порушувати гнітючу монотонність тяжких картин суворої дійсності, її жорстокості й бруду. Цими романами Золя також доводив, що він не тільки «грубий фізіолог», як це йому закидала критика, а й «психолог», йому доступні делікатні сторони людської душі, сфера одуховлених переживань і настроїв.
Особливе місце в структурі циклу належить романам «Кар’єра Ругонів» – з одного боку, і «Розгром» та «Доктор Паскаль» – з другого. «Кар’єра Ругонів» – це пролог до циклу чи, точніше, його розгорнута інтродукція, як свідчить авторська передмова, цьому творові Золя дав другу назву – «Походження», бо в ньому йдеться про походження режиму Другої імперії і про походження родини Ругон-Маккарів. Він поєднує в собі риси роману соціально-політичного й сімейно-побутового з очевидною перевагою елементів першого. «Розгром» і «Доктор Паскаль» – подвійна риска, підведена під циклом, подвійний його підсумок: соціально-історичний (ганебний крах Другої імперії) і науковий (виведення дії закону спадковості із історії сім’ї Ругон-Маккарів).
Особливе місце в «Ругон-Маккарах» і в усій творчості Золя посідає «Жерміналь» – роман про життя шахтарів, про боротьбу труда і капіталу. Водночас цей роман – принципово важлива віха на шляху художнього освоєння робітничої теми у французькій та європейській літературі.
Робітнича тема досить широко ввійшла в західноєвропейські літератури ще в середині XIX століття. Провідна роль у її розробці належала тоді англійській літературі, де під впливом чартистського руху в кінці 40—50-х pоків з’являються