В это время Амосов близко познакомился с профессором физики В.Е. Лашкаревым, который открыл студенту удивительный мир парапсихологии. Ему-то и показал студент чертеж искусственного сердца. «Выдумка ерундовая, но идея логичная, – вспоминал потом академик. – Теперь на принципе такого насоса создали протезы сердца, некоторые работают уже по нескольку месяцев, пока донора для пересадки подбирают».
В 1939 г. Амосов с отличием окончил институт и решил продолжить занятия физиологией, но место в аспирантуре было только по хирургии. А для диплома в Заочном институте, который он из-за «недогрузки» так и не бросил, сделал проект большого аэроплана с паровым котлом и турбиной. Идея была интересной, и хотя к производству ее не приняли, но Амосов в 1940 г. получил еще один диплом с отличием как инженер «паросиловых установок электростанций».
К тому времени молодые супруги решили пожить отдельно (развелись в 1940 г.), и Николай, «удрав из аспирантуры», начал работать ординатором-хирургом в Череповецкой межрайонной больнице, а также преподавать анатомию и любимую физиологию в фельдшерской школе. Но армия и хирургия пришли за ним сами. С первых дней войны Амосов работал в комиссии по мобилизации, а потом был назначен ведущим хирургом в полевой передвижной госпиталь «ППГ-2266 на конной тяге». В этом госпитале и в одной должности он прослужил всю войну и встретил День Победы в германском городе Эльбинг. Воспоминания об этом периоде жизни легли в основу повести «ППГ-2266, или Записки военного хирурга» (1974 г.). Амосов навсегда запомнил это «море страданий человеческих», научился в совершенстве оперировать любую часть тела и лечить любые осложнения. Особенно хорошо он овладел тактикой и методикой операций при ранениях груди, суставов и переломов бедра. Для решения главной проблемы – ранения груди – хирург разработал свою операцию и «здорово насобачился на сосудах!». Но каждая смерть солдата становилась для него трагедией, и Амосов однажды даже попытался покончить жизнь самоубийством.
На фронте Николай Михайлович женился на прекрасной операционной сестре-украинке Лидии Денисенко, которая пошла на войну добровольно после третьего курса пединститута и служила в медсанбате, а после выхода из окружения была прикомандирована к его госпиталю. Но если для большинства солдат война закончилась, то для супругов Амосовых продолжалась до сентября 1945 г. в Маньчжурии. Служить в армии Николай Михайлович ужасно не хотел. Но уйти ему, майору, удостоенному многих боевых наград, было очень непросто. Помог второй диплом – инженерный. Амосов получил назначение от Министерства медицинской промышленности заведовать главным операционным корпусом