В мае 1918 г. при гетмане П. Скоропадском он начал работу по организации Всеукраинской академии наук. Несмотря на мнение М. Грушевского и некоторых его коллег, что академия, которая создается русскими, не обеспечит чисто национальный украинский характер ее деятельности, Вернадский 27 ноября 1919 г. провел первое общее собрание академиков. На его сторону стали такие выдающиеся ученые, как С. Тимошенко, А. Крымский, Н. Петров, Д. Багалей, Н. Кащенко, М. Туган-Барановский, и Вернадский был единодушно избран президентом Академии. Он был уверен, что «дело роста украинской культуры есть не только дело украинцев, но и русских, что историческим фактом является совместное сожитие и участие украинцев в создании русской культуры за последние два столетия»… «И я так верю в будущее украинской культуры и украинского языка!.. С ходом времени в этих рамках, не враждебных русской культуре, украинский язык и украинская культура вырастут…» В то же время Вернадский не верил в то, что независимость украинскому народу могут принести немецкие, австрийские или прочие иностранные штыки: «Впечатления от украинской власти опять прежние – бессилие и бездарность… Они играют печальную роль марионеток, приведших в свою страну иноземцев-поработителей».
Занимался Владимир Иванович и формированием академической библиотеки (ныне – Центральная научная библиотека им. В. Вернадского НАН Украины), пытаясь в начавшемся хаосе и калейдоскопической смене властей спасти ценные коллекции книг и рукописей. И даже после перехода власти к большевикам в феврале 1919 г. он пытался наладить работу Академии. В конце августа Киев заняли войска генерала Деникина, который и слышать ничего не хотел о чем-то украинском, и Академия была закрыта. Но когда к городу подошла Красная Армия, Вернадский уехал в Ростов, а затем перебрался в Крым. Он был приглашен на должность профессора минералогии Таврического университета в Симферополе, где читал курс геохимии, а в сентябре 1920 стал его ректором. Вернадский встречался с П. Врангелем и просил его о содействии университету. Несмотря на скудость средств, ученый пытался наладить минералогические и геохимические исследования. Владимир Иванович собирался эмигрировать в Великобританию, однако остался по настойчивой просьбе преподавателей.
Скорее всего, Вернадский все же уехал бы в Лондон, если бы не слег с сыпным тифом, который едва не стоил ему жизни. Интересна дневниковая запись, сделанная Владимиром Ивановичем в это время. В ней ученый рассказывает об удивительном состоянии, пережитом им в полубреду, когда он «почувствовал в себе демона