Наступного, 1696 року основна частина козацького війська на чолі з гетьманом Мазепою разом із військами Шереметєва стояла табором на річці Берестовій, охороняючи кордон від можливого несподіваного набігу татар.
Новий великий похід козацьких та російських військ вниз Дніпром, у підготовці та проведенні котрого найактивнішу участь узяв гетьман Мазепа, відбувся влітку 1697 року. 25 липня військо стояло вже під Казикерменом, де компанійці витримали кілька боїв з татарами, а основна частина війська була зайнята будівництвом на острові Таванському нової, більшої і краще укріпленої фортеці. Проте похід не мав свого логічного продовження – захопити турків зненацька не вдалося.
Останній великий похід російсько-української армії проти османів відбувся влітку 1698 року. Йому також передувала серйозна підготовка, зокрема й військово-топографічна (за дорученням гетьмана полковник Іван Іскра склав «реєстр прикмет» усіх важливих географічних об’єктів від мису Мишурин Ріг до гирла Південного Бугу і міста Очаків). Однак через брак води і продовольства похід десятьох козацьких полків і війська Якова Долгорукова на Перекоп було перервано, і єдиним досягненням союзників стало відновлення укріплень Казикермена, що стояв у руїнах з 1695 року.
Підбиваючи підсумок огляду бойових дій, у яких брав участь гетьман Іван Мазепа у цей період, слід підкреслити кілька моментів. Гетьман Мазепа краще за багатьох своїх попередників був підготований до того, щоб узяти на себе обов’язки головнокомандувача війська козацької України – він мав досить непогану військову освіту (чималу роль відіграло навчання у Голландії) і значний воєнний досвід, здобутий ще ротмістром надвірної корогви Петра Дорошенка, а потім – генеральним осавулом при Самойловичі у бурхливі часи Руїни. Тому слід відкинути як необґрунтовані твердження деяких авторів про те, що Мазепа взагалі не був людиною військовою, а лише «хитрим інтриганом і боягузом, і сам не