Но Бойчук, в первую очередь, оставался самым выдающимся монументалистом своего времени. Лучшей из его работ стала роспись Крестьянского санатория на побережье Хаджибеевского лимана под Одессой (1927-1929 гг.). Первый в отечественном искусстве художественно-архитектурный ансамбль представлял собой 600 кв. м фресок. Классическая простота живописи, высокая пластическая культура и совершенное мастерство поставили его в ряд лучших творений монументального искусства эпохи. Коллеги-художники называли ансамбль «чудом XX столетия». Крестьяне же, окруженные теплым, золотистым колоритом фресок, говорили: «Хорошо, как в церкви».
Художник работал и с малыми живописными полотнами. Из сохранившихся наиболее известны: «Женщина спит», «Возле буфета», «Крестьянская семья», «Женщины у яблони», «Рабочий и работница», портреты М. Грушевского, Б. Лепкого и, конечно, «Возле яблони». Это произведение выражает осевую мысль всех «бойчукистов» о сути родового дерева, сходную с сентенцией Г. Сковороды: «Не учи яблоню родить яблоки, уже сама природа ее научила. Загороди ее лишь от свиней, срежь будяки, прочисти от гусениц». Это размышление касается как воспитания личности, так и всего народа и его культуры.
Последней работой школы Бойчука стали росписи в Червонозаводском театре в Харькове (1933-1935 гг.). Даже отмеченные определенным компромиссом с новым режимом, они были восприняты как проявление «буржуазного национализма». Четыре фрески размером от 20 до 40 кв. м – «Праздник урожая в колхозе» (М. Бойчук), «Отдых» (И. Падалка), «Индустриализация» (В. Седляр), «Физкультура и спорт» (О. Павленко) – были для учителя и его лучших воспитанников шансом сохранить свои жизни после начатых с 1928 г. гонений на группу. Эскизы многократно пересматривались и утверждались «товарищами» Затонским, Хвылей, Постышевым, Косиором. В результате над счастливыми лицами колхозников появились портреты вождей.
Но ни вынужденное соглашательство, ни заступничество Н. Скрыпника не спасли Михаила Львовича. В 1936 г. мастер и некоторые его ученики стали жертвами сталинского «большого террора». Все созданные ими росписи были варварски уничтожены, а понятие «бойчукизм» долгое время официально считалось бранным словом. 13 июля 1937 г. в одном из лагерей ГУЛАГа (по другим сведениям – в Октябрьском дворце в Киеве) были расстреляны профессор Михаил Бойчук и его ученики Иван Падалка и Василий Седляр.
Ныне искусство Бойчука и его последователей изучается по старым фотоснимкам, а также по немногим станковым работам мастера, которые сохранились благодаря личному мужеству друзей и ценителей его мастерства. Доброе имя и творчество необоснованно репрессированного художника вернул из небытия историк и книговед С. Билокинь 12 декабря 1987 г. на «реабилитационном» вечере Союза художников Украины.