Исходя из смысла п. 1 ст. 172 НК РФ, можно сделать вывод, что счета-фактуры служат не единственным основанием для производства налоговых вычетов, наряду с ними могут использоваться и другие документы, подтверждающие фактическую уплату сумм налога. Однако законодатель, установив данное положение, не указал налогоплательщику, что именно понимается под документами, подтверждающими фактическую уплату сумм НДС, удержанного налоговыми агентами и иными документами. Такая неопределенность приводит к отсутствию единообразного понимания нормы, установленной ст. 172 НК РФ, и соответственно порождает неодинаковое ее применение как налогоплательщиками-предпринимателями, так и налоговыми органами. Налогоплательщики нередко представляют в налоговые органы в качестве основания для производства налоговых вычетов документы, отличные от счетов-фактур, в то время как налоговые органы в большинстве случаев требуют от налогоплательщиков именно счета-фактуры, не учитывая тот факт, что они являются не единственным основанием для производства налоговых вычетов.
Конституционный Суд РФ в постановлении от 20 февраля 2001 г. № 3-П «По делу о проверке конституционности абзацев второго и третьего пункта 2 статьи 7 Федерального закона “О налоге на добавленную стоимость” в связи с жалобой закрытого акционерного общества “Востокнефтересурс”» указал, что формальная определенность налоговых норм предполагает их достаточную точность, чем обеспечивается их правильное понимание и применение. Расплывчатость налоговой нормы может привести к не согласующемуся с конституционным принципом правового государства произвольному и дискриминационному ее применению государственными органами и должностными лицами в их отношениях с налогоплательщиками и тем самым – к нарушению конституционного принципа юридического равенства и вытекающего из него требования равенства налогообложения, закрепленного НК РФ.
Чтобы доказать, что невыполнение требований к заполнению счета-фактуры или его отсутствие не исключает вычета налога на основании других документов, подтверждающих уплату НДС, необходимо проанализировать природу налоговых вычетов по НДС.
Как известно, НДС является косвенным налогом, взимаемым на всех стадиях производства и реализации товаров (работ, услуг). Специалисты отмечают, что используемая в Российской Федерации система взимания НДС не основана на непосредственном выявлении и обложении налогом добавленной стоимости (суммы, добавленной производителем товара к стоимости сырья, материалов и иных производственных затрат), как это происходит во многих европейских странах, в которых этот налог играет роль встроенного регулятора экономики. В Российской Федерации собственно добавленная стоимость объектом налогообложения не является. Вместо этого налогом облагаются составляющие добавленной стоимости – стоимость реализованных товаров, работ и услуг. Такой метод расчета НДС, как правило, называют инвойсным