Процесс над Харпером, в отличие от быстрого и закрытого военного суда над младшим лейтенантом Гражданкиной, был громким и открытым. Такое решение после долгих размышлений было принято во властных кабинетах. Дело от органов курировал недавний комиссар Госбезопасности, а к моменту суда заместитель начальника Второго управления НКГБ Глеб Иванович Чапайкин. Он же и решил, что именно подобным образом будет достигнут тройной эффект. И он же предложил сделать суд громким и открытым. Это крепкая и чрезвычайно выигрышная позиция. И жертв практически нет. На стороне советской спецслужбы Харпер больше не игрок. Но при этом! Во-первых, утрём нос британской разведке. Во-вторых, поставим на вид союзникам за их шпионскую деятельность под прикрытием торговых представительств. Ну и в-третьих, как и планировали, получаем официальную возможность изолировать Джона Харпера, продолжающего оставаться потенциальным носителем секретов государственной важности.
В ходе процесса подсудимому инкриминировалось двойное преступление: убийство сотрудника советских правоохранительных органов, совершённое подсудимым при его задержании, и его же шпионская деятельность на территории Советского Союза. Убийство же повесили мимоходом, заодно, с тем чтобы было юридическое основание увеличить лагерный срок, коль скоро дело приобрело такую широкую огласку. Да и процесс по делу младшего лейтенанта Татьяны Гражданкиной в этом случае может быть переквалифицирован на более мягкую статью – убийство гражданина по неосторожности в ходе ареста подозреваемого. И это – до восьми лет лишения свободы.
В итоге решением суда за совершённые на территории Союза Советских Социалистических Республик преступления гражданин Великобритании Джон Ли Харпер был приговорён к высшей мере – смертной казни через расстрел. Однако, проявляя добрую волю и принимая во внимание наличие у подсудимого двух несовершеннолетних детей, Верховный суд СССР счёл возможным заменить смертную казнь на двадцатипятилетнее заключение с пребыванием подсудимого в колонии строгого режима.
Таковым изначально было условие, предложенное Джону Глебом Чапайкиным в ходе следствия, в случае если он целиком и полностью признает свою вину. Что Джон Харпер, понимая бессмысленность борьбы за любое иное решение, и сделал. Впрочем, добиться желаемого от подсудимого было теперь несложно. Травма от нанесённого Харлампиевым страшного удара по затылку дала последствия в виде регулярных приступов амнезии, чередующихся с сильными, порой нестерпимо, головными болями. Очередной приступ боли застал Джона во время зачитывания приговора и произнесения последнего слова. Джон просто тупо мотнул головой, выразив заведомое согласие, плохо понимая, что происходит, и не вдаваясь в смысл произносимых слов.