Вичитавши урочисто, як годилося за козацькими звичаями, царського листа серед козацької ради і, прийнявши царські подарунки, Гордієнко на пропозицію Протасова цілувати хрест на вірну службу цареві рішуче відповів, що Військо Запорозьке не буде присягати цареві через те, що московський уряд порушив вольності запорозькі, побудувавши городки по Самару і будуючи фортецю в Кам’яному Затоні, а що коли ті городки будуть поруйновані, так тоді Військо Запорозьке і присягу цареві складе.
Мазепа, почувши про те, яку одповідь дав Гордієнко царському посланцю, послав цареві доноса, запевняючи, що вся непокора запорожців пішла виключно через Гордієнка і що претензії запорожців на землю по Самару зовсім безпідставні, бо вони, мовляв, не мають на ті землі царської жалованої грамоти. Порадивши одночасно царю вжити проти запорожців рішучих заходів, Мазепа послав на Січ кількох своїх прибічників, щоб підмовляти й підмогоричувати запорожців, аби скинули Гордієнка з кошевства та щоб подбати про те, аби, як він казав, “того проклятого пса, Гордієнка, не стало”, себто подбати про те, щоб Гордієнко був убитий.
Лукаві Мазепині заходи почасти вдалися: Гордієнко хоч і не був вбитий, та на роковій раді кошовим отаманом на 1703 рік запорожці обрали не його, а представника партії покірливих, прихильника Мазепи, Герасима Крису. З цього скористався російський уряд і раптом закінчив будування Кам’яного Затону. Проте вплив Гордієнка на запорожців скоро знову піднявся і з кінцем 1703 року товариство знову доручило йому отаманську булаву.
Ставши знову кошовим, Гордієнко почав силою підтримувати свої протести проти порушення запорозьких вольностей. Весною він вирядив з Січі на Самар 3.000 запорожців з наказом поруйнувати Самарські московські городки і вимести геть з Запорожжя всіх захожих поселенців, хто не належав до Війська Запорозького. Той виділ запорожців добув штурмом Новосергієвський городок, попалив околиці Новобогородського городка і захопив чимало коней та худоби, що були власністю московських людей, але самої Новобогородської кріпості не добув, бо не мав великих гармат. Покинувши її, запорожці пішли на Орель і зігнали з лівого берега всіх поселенців, що понаходили туди з Полтавщини, Харківщини і навіть з Московщини. Одночасно з тим Гордієнко почав утискувати росіян і у Кам’яному Затоні.
Хоч ці вчинки Гордієнка і були одверто ворожі до тодішнього російського уряду, а проте в них не можна вбачати заміру кошового стати на бік ворогів російської держави, бо у тому ж 1704 році 2.000 запорожців були при російському війську на Ладозі і в місяці