В 1865 г. началась активная фаза русского проникновения в Центральную Азию. К 1867 г. на территории, захваченной у Бухарского эмирата и Кокандского ханства, было учреждено Туркестанское генерал-губернаторство. В 1868 г. русские войска нанесли новое поражение Бухарскому эмирату, а в 1873 г. – Хивинскому ханству. Бухара и Хива подписали с Россией мирные договоры, по которым Хива превратилась в русский протекторат, а Бухара сохранила формальную независимость, но фактически политически и экономически зависела от Российской Империи. В 1876 г. Кокандское ханство было окончательно захвачено и присоединено к Русскому Туркестану.
Организация духовных управлений совпала по времени с мощным движением обновленчества среди мусульман по всей территории Российской Империи, а также Хивы и Бухары. Это заставило власть усилить контроль над исламскими структурами, а также определить свое отношение к реформаторам, среди которых присутствовали и националистические настроения. Царское правительство поддержало сторонников традиционного ислама, что усилило критику власти некоторой частью реформаторов.
Общественно-политическое движение джадидов (усул-и джадид, т. е. модернизаторов, обновленцев) затрагивало многие сферы внутренней жизни мусульман, а также вопросы межрелигиозных отношений мусульман, христиан, иудеев. Джадиды ратовали за обновление традиционного богословия и судебной системы, выступали за развитие науки, просвещения, школьного и высшего мусульманского образования. Татарское богословие имело хороший пример критики традиционных методов обучения со стороны выдающегося теолога и общественного деятеля Шихабуддина Марджани (1818–1889). Как и многие татарские молодые люди, он прошел учебу в высших богословских школах (медресе) Бухары и Самарканда. Вернувшись в Казань, Марджани начал свою славную деятельность богослова и учителя. Поколения джадидов считали его своим учителем. Большое значение в реформировании мусульманского образования в начале XX в. сыграли начальные и высшие школы нового типа (мактаб, мадраса) Казани и Уфы. Самыми известными из них были «Мухаммадия» и «Касимия» в Казани, «Хусаиния» в Оренбурге, «Галлия» в Уфе, «Расулия» в Троицке. Джадиды боролись за организацию школьного