Константинополь в то время согласился на союз с католиками, и просить нового митрополита у греков, как это было всегда до того, в Москве не стали. Преодолев долгие колебания, в 1448 г. русские сами поставили себе митрополита на местном соборе епископов. Им стал Иона. Вскоре уния с Римом была отвергнута греками. В Константинополе, завоеванном в 1453 г. турецким султаном, патриарх Геннадий Схолирий подтвердил верность православным догматам. Греки и их сторонники на Руси ожидали, что русские вновь попросят константинопольского патриарха поставлять на Русь митрополита. Но Москва не попросила. И князь Василий и большинство епископов восточной части Руси теперь хотели полной церковной независимости от Константинопольской матери-церкви – самовозглавления (автокефалии). Греки не признали такое желание законным и отлучили Великое княжество Московское от церковного общения со Вселенской Церковью. Отлучение это лежало на Русской Церкви более столетия (1448–1561 гг.) и крайне смущало русских людей. Одни утверждали, что теперь безблагодатна Русская Церковь, другие – что Константинопольская. Сторонников Константинополя на Руси теперь строго наказывали. Так, знаменитый подвижник Пафнутий Боровский за отказ признать законным поставление митрополита Ионы «был им бит и закован в железа». А Константинопольского патриарха и Московский митрополит, и великий князь считали теперь «себе чюжа и отреченна». Река, которая текла из просвещенной Византии на Русь, была почти полностью перекрыта дамбой самовольной автокефалии.
В то же время литовские князья не желали видеть возглавителем своего православного народа митрополита, поставленного в Москве, и в результате единая русская митрополия разделилась надвое в 1458 г. Константинополь продолжал ставить митрополитов Киевских и всея Руси, а митрополитов Московских ставил собор восточнорусских епископов, поклявшихся в декабре 1459 г. по настоянию митрополита Ионы «быть неотступными от святой Церкви Московской». Именно тогда, при Василии II, Восточная Русь стала замыкаться в отгороженную от всего мира Московию, а ее духовная культура, столь ярко расцветшая в XIV – начале XV в., – деградировать в самоизоляции.
Княжение Василия II оказалось трагическим и неудачным. Почти четверть века продолжалась династическая война великого князя с его дядей Юрием Дмитриевичем и его сыновьями