Все перевозимые деньги были похищены, боевики скрылись. Позже деньги оказались в Финляндии, а потом – в Европе, поскольку использовать крупные купюры с известными полиции номерами в Российской империи было невозможно.
Существовала гипотеза, популярная в годы перестройки, что настоящим руководителем этого ограбления был Сталин, который занимался организацией эксов («принудительных изъятий собственности») для большевистской казны, то есть организовывал ограбления банков, лично не принимая в них участия. При этом ссылались на мнение революционерки Татьяны Вулих, которая была тесно связана с грузинскими террористами. Но в материалах полиции, тщательно расследовавшей (и раскрывшей) это знаменитое ограбление и последующую судьбу экспроприированных денег, имя Сталина не фигурирует.
Официально революционеры от экспроприаций открестились – незадолго до громкого ограбления казначейства, в мае 1907 года, Лондонский съезд принял резолюцию, осуждавшую «эксы». Хотя делегат Джугашвили уже в июне, публикуя в подпольной прессе Баку отчет о работе съезда, весьма негативно оценил эту резолюцию: «Из меньшевистских резолюций прошла только резолюция о партизанских выступлениях, и то совершенно случайно: большевики на этот раз не приняли боя, вернее не захотели довести его до конца, просто из желания дать хоть раз порадоваться тов. меньшевикам».
Тифлисский комитет РСДРП отрицал свою причастность к нападению на казначейскую карету. По словам Святослава Рыбаса, «налет на казначейскую карету и похищение четверти миллиона рублей (из них меньшевикам не было дано ни копейки) трактовался тифлисским комитетом как вызов V съезду РСДРП, который принял резолюцию о прекращении партизанских действий и роспуске боевых дружин. Сталин был назван организатором «экса» и вместе с его участниками был исключен из партии. Это постановление направили в ЦК РСДРП за рубеж, однако в большевистском ЦК решение тифлисских меньшевиков положили под сукно…»
Существует также версия, что истинным организатором акции был казначей большевистской фракции РСДРП Лев Красин. А непосредственным исполнителем стал земляк и друг детства Иосифа Джугашвили – Семен Тер-Петросян по прозвищу Камо, который сам подобрал команду верных и проверенных людей, руководствуясь соображениями их надежности, а не партийной принадлежности.
По полученным в Департаменте полиции сведениям, на днях в Берлин прибыл некий армянин из Тифлиса, носящий кличку «Камо»… Названный «Камо», принимавший участие в устройстве 11 типографий, трех лабораторий бомб, в массовой доставке оружия, несмотря на свои молодые года (24 года), является крайне активным и смелым революционером-террористом, высоко ценимым всеми большевиками, даже Лениным и «Никитичем». Правая кисть руки у «Камо»