Если во времена тоталитарного режима Ходжи ситуация находилась в «придавленном» состоянии, то с началом периода трансформации старые исторические проблемы и новые факторы вырвались наружу. Уже в апреле 1990 г. посол Греции в Тиране направил ноту протеста в министерство иностранных дел Албании в связи с нарушением экстерриториальности греческого посольства «тремя полицейскими и двумя гражданскими агентами службы безопасности Албании», пытавшимися задержать албанского гражданина. А уже летом того же 1990 г. тогдашний премьер-министр Греции К. Мицотакис в связи с вопросом положения греческого этнического меньшинства в Албании подчеркнул, что «возрождение проблем меньшинств на всех Балканах представляет собой проблему», способную породить новые кризисы.
Ситуация вокруг проблемы чамов приобрела новое измерение в 1991 г., когда на волне распада однопартийной тоталитарной системы в Албании возникла Национальная политическая ассоциация Чамерии. Ее задачей была провозглашена деятельность с целью «выражения и защиты» интересов народа Чамерии. Ответом греческого правительства стало заявление летом 1991 г. тогдашнего министра иностранных дел К. Папульяса о том, что подобные требования должны стать предметом работ специальной двусторонней комиссии. Однако проблема в том, что принятый в той же Греции особый закон, запрещающий пересматривать решения о реквизиции земельных участков правительством, фактически делает дискуссии на данную тему лишенными какого-либо правового механизма реализации принятых решений. В мае 1992 г. во время своего визита в Тирану премьер-министр Греции Мицотакис подтвердил официальную позицию своей страны по указанному вопросу, заявив, что чамам не будет разрешено вернуться на родину в Грецию, поскольку «они сотрудничали с итало-германскими интервентами во время Второй мировой войны, и в этом своем качестве они являются военными преступниками и понесли наказание согласно греческим законам».
Подход албанских властей к проблеме чамов стал более жестким с приходом к власти в стране в 1992 г. Демократической партии. Это объясняется тем, что электоральная база их предшественников и оппонентов-социалистов традиционно находится в южных районах Албании, где проживает греческое меньшинство. Кроме того, сами партии и организации