Пока Висковатый мотался по дальнему зарубежью, в Москве, видимо, не без молчаливого согласия царя стала поднимать голову партия политических противников руководителя Посольского приказа во главе с Алексеем Адашевым, который имел чин окольничего и пользовался особым доверием царя. Все помнили, что сказал ему Иван Грозный при пожаловании этого высокого чина. «Алексей, – молвил тогда во всеуслышание царь, – взял я тебя из нищих и из самых молодых людей. Слышал я о твоих добрых делах и теперь взыскал тебя выше меры твоей ради помощи душе моей. Хотя твоего желания и нет на это, но я тебя пожелал, и не одного тебя, но и других таких же, кто б печаль мою утолил и на людей, врученных мне Богом, призрел. Поручаю тебе принимать челобитные от бедных и обиженных, и разбирать их внимательно. Не бойся сильных и славных, похитивших почести и губящих своим насилием бедных и немощных, но все рассматривай внимательно и приноси к нам истину, боясь суда Божия».
Так вот Адашев и его сторонники были не «западниками», а, если так можно выразиться, «южанами», иначе говоря, они считали, что Балтика России ни к чему и пробиваться надо к теплому Черному морю, объявив войну крымскому хану и турецкому султану. Придворная знать была на стороне Висковатого, служилое дворянство поддерживало Адашева. Разрешить этот спор мог только царь, но он вмешиваться не торопился.
Кто знает, чем бы все это закончилось, если бы Висковатый не ввязался в чисто теоретический церковный диспут. Дело в том, что один из религиозных мыслителей того времени Матвей Башкин стал отрицать божественное происхождение Христа. В своей неслыханной ереси он пошел еще дальше, утверждая, что все церковные книги, за исключением Нового Завета, не что иное, как баснословие. Самое странное, Иван Грозный не отправил Башкина на плаху, а разрешил провести открытый диспут, в котором бы мог высказаться не только сам Матвей, но и его противники. Самым ярым противником был Висковатый. В диспуте он победил, но Ивану Грозному это почему-то не понравилось.
По воле царя Ивана Михайловича на три года отлучили от церкви. В первый год ему предписывалось стоять около храма и просить православных помолиться за него, грешного. Во второй – разрешалось входить в церковь, но только для прослушивания Священного Писания. На третьем году можно было не только входить в церковь, но и молиться, при этом ни с кем не общаясь и ни с кем не разговаривая.
От дел в Посольском приказе Ивана Михайловича, само собой, отстранили и должности лишили. Но в покое Иван Грозный его не оставил. Задним числом Висковатого обвинили в попытке заговора с целью сдать Новгород и Псков полякам, а заодно в изменнических сношениях с турецким султаном и крымским ханом, дабы отдать им Астрахань и Казань.
25 июля 1570 года опричники привели на Болотную площадь, которую еще называли Поганой лужей, около ста едва держащихся на ногах дьяков, подьячих и других сановников, приговоренных царем к смерти. Первым в списке был Иван Михайлович