После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки, которую он возглавлял с мая 1939 по июнь 1946 года, Сталин неожиданно дал добро назначить на эту должность Кубаткина. Возможно, мнение Жданова и его рекомендации сыграли в этом вопросе свою роль.
Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки трудились над решением первоочередных задач, поставленных перед ними Сталиным. А задачи эти были неимоверно важными и крайне сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.
Следует заметить, что вскоре после войны иллюзии на мирное сотрудничество с союзниками по антигитлеровской коалиции быстро улетучились. Вновь на горизонте обозначились признаки войны, пока что холодной. Имелись определенные трудности и в послевоенном восстановлении народного хозяйства.
В такой обстановке единственную возможность для нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей.
Из Ленинградского управления в центральный аппарат внешней разведки был переведен А.М. Сахаровский. Тогда же на работу во внешнюю разведку был направлен А.А. Крохин, который в годы войны был оперативным сотрудником Особого отдела НКВД Ленинградского округа, переведен в ПГУ МГБ СССР начальник отдела УНКГБ по Ленинградской области А.В. Красавин, на учебу в Высшую разведывательную школу МГБ СССР направлены Н.С. Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности.
Едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, последовал приказ об освобождении его от должности. В анкете, которую позже заполнял Кубаткин, о службе в разведке он написал так: «С 15 июня по 7 сентября 1946 года – начальник Главного управления МГБ СССР».
Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от должности. Одна из них предполагает, что он сам не считал возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Кубаткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант Кубаткин, награжденный орденами Ленина, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.
Если даже он и написал рапорт с просьбой освободить его от занимаемой должности, то это должно было быть вызвано совсем другими причинами. Они таились скорее всего в сфере большой политики, поскольку в это время раскручивалось так называемое