Развитие научного направления в работе центра послужит созданию дополнительной научной и образовательной базы для организации учебного процесса в региональных образовательных учреждениях всех уровней.
Одной из главных задач научного направления деятельности центра является проведение фундаментальных и прикладных научно-исследовательских работ в области естественных (биология, география, геология, палеонтология и др.) и гуманитарных (история, археология, этнография и др.) дисциплин.
В рамках центра значительно легче организовать разработку программ междисциплинарных направлений, которые на современном этапе развития науки являются наиболее перспективными.
Одной из актуальнейших в XXI в. является тема «Человек и природа: история эпохи позднего голоцена на территории России». Изучение истории взаимоотношений человека с окружающей средой, влияния палеоэкологических условий на формирование, функционирование и исчезновение древних обществ, а также характера и последствий воздействия антропогенного фактора на природу является проблемной темой изучения многих наук. Ее решение невозможно без использования методов естественных наук и в первую очередь геологии, почвоведения, физики, ботаники, химии и др. В то же время одним из перспективных путей повышения результативности исследований природных процессов, определяющих направленность развития биосферы и ее отдельных компонентов на протяжении последних 5—10 тыс. лет, является их ориентированность на комплексное изучение археологических памятников, которые большинством ученых на современном этапе развития науки рассматриваются и как памятники природы. Для решения поставленной задачи могут быть использованы методы самых разных наук: почвенно-археологический, морфологический, химико-аналитический, физический, микробиологический, минералогический, топографо-тратиграфический, геофизический (палеомагнитный), палинологический, петрографический и спектрохимический, технико-технологический анализ керамики. Комплексный подход в исследовании природно-исторических объектов позволит получить принципиально новую информацию о динамике, взаимодействии и взаимовлиянии природного и исторического процессов на территории России в эпоху позднего голоцена. Его использование также существенно повысит детальность и круг решаемых вопросов различных гуманитарных и естественных наук.
Естественно, перечень программ, в осуществление которых могут вовлекаться специалисты разных отраслей науки, неограничен: это культурология, социология, педагогика, психология, этнология, религиоведение, искусствознание, астрономия