После продолжительного отсутствия на заседаниях комиссии Потемкин появился 19 августа 1768 г. и участвовал в обсуждении вопросов, требовавших применения классического церковного законодательства (Кормчей книги), а 26 августа, на 33-м заседании, присутствовал депутатский маршал и беседовал о «разных сумнительствах, о коих Духовно-гражданская комиссия, выписав, представить намерена Дирекционной комиссии для испрошения себе на оныя поставления». К сожалению, «Дневные записки» не фиксировали участие тех или иных членов в обсуждении и рассмотрении вопросов, но позволим себе предположить, что Потемкин мог высказываться со знанием дела, используя полученные сведения и опыт заседаний в Синоде.
Осенью 1768 г., уже после своего пожалования в действительные камергеры по случаю годовщины коронации Екатерины II (22 сентября) и после объявления Турцией войны (25 сентября), Потемкин принял участие еще в трех заседаниях Духовногражданской комиссии (30-й, 37-й и 49-й). На них продолжалось чтение Большого наказа, правил из Кормчей, в частности решений «Карфагенского собора», экстрактов старых законов и выписок «по материям» из наказов городских жителей, обсуждались вопросы о браках христиан с «иноверцами», о причинах, побуждавших «простолюдинов» к разным суевериям и расколам, и о средствах, удобных к удержанию их от этого. Располагавший высоким статусом государственного чиновника – второго человека в Синоде, Потемкин не мог не быть ключевой фигурой во всех этих дискуссиях. Суть обсуждаемых вопросов сводилась к взаимоотношениям церкви и государства, в развитии которых можно выделить три периода:
1. От