Роман Вилимович прикладывает максимум усилий при строительстве крепости и города. Он собирает каменщиков и плотников со всей Новгородской области. Санкт-Петербург строили солдаты и осужденные преступники. На Брюса это возлагало особую ответственность. Недалеко от крепости, на правом берегу Невы, был построен «Домик Петра», кроме этого были выстроены Зимний и Летний дворцы. Все эти сооружения были деревянные и большой роскошью не отличались. Во многом это соответствовало вкусу Петра I, который особо не терпел пышных помещений, высоких комнат. Саженях в двадцати пяти от Домика Петра был построен обширный дом для губернатора Санкт-Петербурга, светлейшего князя А.Д. Меншикова. Дом этот также назывался посольским, потому что Петр принимал здесь иностранных послов.
За домом Меншикова стояли дома Головкина, Я.В. Брюса, Шафирова.
Все эти постройки выполнены в 1704–1705 годах.
Обер-комендант Санкт-Петербурга не только строил и защищал город. Он командовал войсками, воевавшими в Прибалтике и Финляндии.
В 1710 году Роман Брюс в звании генерал-майора командует войсками при осаде Выборга. Ему было поручено самое сложное в инженерном отношении место осады. В 12 верстах от Выборга, в самом узком месте пролива Тронгзунд, необходимо было соорудить два шанца – выдвинутые укрепления, на которых должен был быть размещен батальон солдат, а затем соорудить береговые батареи, которые должны были воспрепятствовать подходу шведского флота на помощь осажденной крепости. Работы проводились в условиях сильных морозов на каменистом грунте, и все это создавало немалые трудности при сооружении траншей и апрошей. Для возведения брустверов приходилось использовать даже мешки с шерстью. Блокировка Выборга с западной стороны Р.В. Брюсом и с восточной – войсками генерала Беркгольца обеспечила полную изоляцию Выборга от Финляндии.
Осада Выборга завершилась капитуляцией крепости без штурма 13 июня 1710 года. После этого генерал-майор Р.В. Брюс с войсками был переброшен под Кексгольм (Корелу). Овладение этой крепостью на противоположной стороне Карельского перешейка должно было закрепить победу под Выборгом. После более чем двухмесячной осады 8 сентября 1710 года гарнизон Кексгольма капитулировал.
За участие в этих походах Роман Брюс был награжден парсуной.
В 1713 году Р.В. Брюс, командуя пехотным полком, численностью четыре тысячи человек, принимает участие в высадке русского десанта на реке Пелкина. Эта операция особая. Командующий десантным отрядом генерал-лейтенант М.М. Голицын перед началом операции впервые в военной истории разрабатывает письменную диспозицию об атаке десанта в озерных условиях. Кроме того, в этом бою русские