В 1704 году поставили Мы его Верховным Начальником над всею Нашей артиллериею, как полевою, тако и в крепостях и цитаделях обретающейся. В том же году участвовал он в сражении и взятии Нарвы и Иван-города, и во время событий премногие подвиги совершил и паки служил Нам с усердием и верностью. И в 1705 году бывал сей Яков Вилимович постоянно с армиею и в Литве, и в Польше, где всею Нашею артиллерию изрядно командовал.
И в 1706 году за все свои многие подвиги ратные и службу верную произведен был Нами в генерал-поручики. В том же году он вкупе со Светлейшим Князем Нашим Меншиковым воевал в Польше под городом Калиш противу шведского генерала Мардефельда, над коим во главе войск наших полную викторию одержал. А в 1708 году во время войны армии Нашей противу шведов во главе с их генералом графом Левенгауптом в баталии под Лесной командовал он левым крылом, и все шведы до единого побиты были.
В 1709 году участвовал он в баталии кровопролитнейшей под градом Полтавою, где Мы зело славнейшую викторию над шведами одержалии всю их шведскую армию наголову разбили. В баталии же той сам шведский король Карл XII участие принимал и позорным бегством едва себя от плена избавил. В сражении том сей Яков Вилимович зело храбро себя выказал и многие подвиги ратные совершил, за кои не токмо награждения воински получил, но Нами был возведен в достоинство Кавалера Ордена Апостола Андрея.
В 1710 году во время осады Нашим войском града Риги, он паки артиллерией Нашей вельми умело командовал, забрасывая сей град гренадами горящими, и подкопы под стены подводил.
И после был вкупе с другими послан по Нашим надобностям в город Данциг и дела там вел Наши. В 1711 году принимал он участие в походе противу турок в Валахии, где паки артиллерией Нашей командовал и во всех баталиях вместе с Нами пребывал и отменными подвигами вновь прославился за кои произведен был Нами в генералы-от-артиллерии.
В том же году вкупе с другими послан ехать он был в Данциг с поручением Нашим. А в 1712 году пребывал с армией Нашей в Померании и Голштинии, где Нашего, а также датского и саксонского артиллерией изрядно командовал, чем и заслужил многие награды.
В 1718 году, поелику большую ученость и опытность в делах показал, был он назначен Нами Президентом Коллегии Берг- и Мануфактур-, и с того же времени включен был в Наш Правительствующий Сенат для управления государством и решения дел гражданских в Сенате. И везде себя отлично показал, со тщанием и верностию паки службу свою исправлял.
В 1718 году изволили Мы назначить сего Якова Вилимовича Нашим Первым Полномочным Министром на Аландский Конгресс, где он со шведскими министрами в продолжение целого года и даже более, артикулы трактата мирного составлял и в негоциях сих премного потрудился и преуспел к пользе и интересу