За благочестивую жизнь мудрого святителя уважали не только великие князья Московские, но даже тверские, смоленские, полоцкие и литовские. Новгородская область, управляемая святым Ионою, пользовалась во все время святительства сего блаженного миром и особым покровительством свыше. Граждане, внимая его поучениям, имели любовь друг к другу; даже самая земля отличалась тогда особенным плодородием. Все сие было по молитвам святого. Только однажды Новгородская и Псковская земли подверглись страшному бедствию. С конца 1466 года открылось моровое поветрие, которое известно под именем Симоновского мора. У больных опухали железы, и на третий или четвертый день они умирали. В следующем, 1467 году, болезнь вспыхнула с новой силой. Во всей Новгородской земле умерло 220 652 человека. Великая скорбь и смятение охватили жителей. Но еще более болел душой за своих духовных чад сам архипастырь. Он утешал их и непрестанно молился Господу о прекращении сего страшного бедствия. И молитва его была услышана. В Неревском конце при Зверинском монастыре была устроена большая скудельница для погребения умерших. Однажды во время молитвы святитель услышал глас:
– Ступай с крестами в сопровождении всего освященного собора в Неревский конец, в Зверин монастырь, в храм Покрова Пресвятой Богородицы на скудельню. Ступай туда, где явился образ святого праведного Симеона Богоприимца. Поставь там в честь его храм, и мор прекратится.
Святитель возвестил о сем гражданам и утром, 1 октября, в день памяти Покрова Пресвятой Богородицы, новгородцы были свидетелями нового дивного чуда. В сей день святитель со всем своим клиром и гражданами направился в указанное место и, преклонив колени пред иконою Симеона Богоприимца, со слезами молился Господу об утолении гнева небесного.
В сие время народ стал сносить бревна и в один день была построена церковь. Святой Иона в тот же день освятил ее и совершил в ней Божественную литургию. С того дня моровое поветрие прекратилось. В следующем 1468 г. святитель Иона на месте сей деревянной церкви воздвиг каменный храм в честь праведного Симеона, который сохраняется и до сего дня, свидетельствуя о неизреченной милости Божией.
В то время начал основываться Соловецкий монастырь. Святитель Иона оказывал великую помощь и содействие новой обители. Вместе с мирскими властями Новгорода он дал святому Зосиме грамоту, по которой отдавал во владение новой обители весь Соловецкий остров со всеми угодьями.
Много добра оказывал всем Новгородский святитель, немало трудов ему пришлось перенести. Чувствуя приближение своей кончины, он написал духовную, где завещал похоронить тело его в Отней обители. Причастившись Святых Таин, он мирно отошел ко Господу 5 ноября 1470 года. С подобающею честью новгородская