упразднены 4‑е (секретно-политическое), 5‑е (контрразведывательная работа в промышленности) и 6‑е (контрразведывательная работа на транспорте) управления, а их функции и кадры переданы в состав Второго главного управления; как свидетельствует первый заместитель председателя КГБ СССР генерал армии Филипп Денисович Бобков, в то время начальник 1‑го отдела (антисоветское подполье) 4‑го (секретно-политического) Управления КГБ при СМ СССР: «С конца 1959 года структура Комитета была выстроена таким образом, что от внутренних проблем КГБ был отстранён – при Хрущёве были ликвидированы все структуры, которые занимались их изучением»;
3‑е Главное управление (военная контрразведка) было преобразовано в 3‑е Управление;
Следственное управление было реорганизовано в Следственный отдел;
отдел учебных заведений Управления кадров был упразднен.
В результате структура Центрального аппарата КГБ при Совете Министров СССР приобрела следующий вид:
➢ 1‑е Главное управление (внешняя разведка),
➢ 2‑е Главное управление (контрразведка),
➢ 3‑е Управление (военная контрразведка),
➢ 7‑е Управление (наружное наблюдение и охрана дипкорпуса),
➢ 8‑е Главное управление (шифровально-дешифровальное),
➢ 9‑е Управление (охрана руководителей партии и правительства),
➢ ОТУ (оперативно-техническое управление),
➢ Управление кадров,
➢ Следственный отдел,
➢ УАО (учётно-архивный отдел),
➢ ГУПВ (Главное управление пограничных войск),
➢ ХОЗУ (хозяйственное управление),
➢ ОПС (отдел правительственной связи),
➢ ФПО (финансово-плановый отдел),
➢ Моботдел,
➢ Секретариат КГБ при СМ СССР,
➢ Группа при председателе КГБ при СМ СССР по изучению и обобщению опыта работы органов госбезопасности и данных о противнике (создана 23 июня 1959 года вместо упраздненной Инспекции при председателе КГБ при СМ СССР).
9 января 1959 года Президиум ЦК КПСС утвердил «Положение о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах», которому был присвоен гриф «Строго секретно». Согласно этому положению, КГБ провозглашался политическим органом, работающим под полным контролем ЦК КПСС. В частности, в Положении говорилось:
1. Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органы на местах являются политическими органами, осуществляющими мероприятия Центрального Комитета партии и Правительства по защите Социалистического государства от посягательств со стороны внешних и внутренних врагов, а также по охране государственной границы СССР.
…3. Комитет государственной безопасности работает под непосредственным руководством