Немецкие просветители создали свой вариант деизма, отличающийся от деизма Локка и Вольтера, отрицавшего любое участие Бога в истории, Божественное Провидение. Для Лейбница же и Лессинга Промысел Божий – не пустой звук, они признают наличие некоторых врожденных идей (в частности – то, что Творец изначально внес в мир и природу человека добро, нравственное начало, «предустановленную гармонию»), их вариант деизма отличается мягкостью и меньшим радикализмом по отношению к традиционным монотеистическим религиям. Создателем немецкого деизма, соединившим рационалистическую философию и глубокую веру, был Г.В. Лейбниц, опиравшийся на философию Б. Спинозы. В целом именно влияние спинозизма, спинозовского панентеизма придает особую окрашенность философским исканиям немецкого Просвещения. «Спор о Спинозе», развернувшийся в Германии в 1780-е гг., стал одним из важных стимулов становления немецкой классической философии, блистательный взлет которой ознаменовала философия И. Канта.
Немецкие просветители, как и их собратья в других европейских странах, вели упорную борьбу с религиозными фанатизмом и ханжеством, с суевериями и предрассудками. Однако это вовсе не делало их ни атеистами, ни материалистами. Материализм вообще не представлен в немецкой философии Просвещения: большинство просветителей исповедуют «естественную религию», основанную на вере в существование Творца и Его Промысла в мире и более вписывающуюся в парадигму христианства. Тем не менее христианство, с точки зрения просветителей, также нуждается в эволюции в сторону «религии разума», в сторону большей толерантности. Именно немецкому Просвещению свойствен в наибольшей степени доброжелательный интерес к нехристианским монотеистическим конфессиям, в частности к иудаизму, к общим библейским основам иудейско-христианской цивилизации. Об этом размышлял Лессинг в философской драме «Натан Мудрый», об этом писали Гердер и Гёте, которые были и крупными учеными-библеистами своего времени. Показательно, что в атмосфере толерантности и диалога культур именно в Германии складывается еврейское Просвещение – Таскала, родоначальником которой был выдающийся еврейский и немецкий мыслитель Мозес Мендельсон (Moses Mendelssohn, 1729–1786), близкий друг Лессинга и прототип Натана Мудрого.
Многие немецкие просветители были выходцами из пасторских семей, исповедовали лютеранство. Это не мешало им критиковать деятельность Церкви и вести полемику с лютеранской догматикой. При этом в духовно-религиозной жизни Германии с конца XVII в. наметились новые тенденции, связанные с противостоянием застойному догматизму Лютеранской Церкви: